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Análisis epidemiológico, clínico y microbiológico del brote de candidiasis invasora por Candida auris en el Hospital Universitario y Politécnico La Fe

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Análisis epidemiológico, clínico y microbiológico del brote de candidiasis invasora por Candida auris en el Hospital Universitario y Politécnico La Fe

dc.contributor.advisor	Pemán García, Javier
dc.contributor.advisor	Ramírez Galleymore, Paula
dc.contributor.author	Ruiz Gaitán, Alba Cecilia
dc.contributor.other	Departament de Medicina	es_ES
dc.date.accessioned	2020-09-14T06:40:42Z
dc.date.available	2020-12-13T05:45:07Z
dc.date.issued	2020	es_ES
dc.date.submitted	07-09-2020	es_ES
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10550/75458
dc.description.abstract	INTRODUCCIÓN: Candida auris es una levadura patógena responsable de brotes hospitalarios, especialmente en las unidades de cuidados intensivos (UCI). C. auris tiene características que la hacen muy diferente de otras especies de Candida: i) Los métodos comerciales basados en técnicas fenotípicas no la identifican, ii) ha surgido de forma independiente y simultánea en tres continentes; iii) presenta una elevada resistencia a los antifúngicos, pudiendo llegar a ser multirresistente; y iv) persiste durante semanas en el entorno hospitalario y además puede colonizar indefinidamente a los pacientes favoreciendo la trasmisión de paciente a paciente, principalmente en pacientes en estado crítico. Estas características no han sido descritas en otras especies de Candida. Los sistemas de identificación usados en los laboratorios asistenciales como API20C®, Auxacolor® y Vitek 2® no la identifican o la identifican erróneamente. Se requieren métodos basados en proteómica y técnicas de biología molecular para diferenciarla de otras especies cercanas. OBJETIVOS: Analizar los aspectos microbiológicos, epidemiológicos y clínicos de las infecciones invasoras y colonizaciones por C. auris en el Hospital Universitario y Politécnico La Fe, con el fin de optimizar el diagnóstico precoz y el manejo terapéutico de los pacientes con infecciones por esta especie emergente. METODOLOGÍA: Se realizó un estudio prospectivo de casos y controles de 11 meses de duración, que incluyó un total de 228 pacientes (114 colonizados/infectados y 114 controles). También se analizaron los datos de los primeros 79 episodios de candidemia y de 738 muestras ambientales. La identificación de C. auris se realizó mediante MALDI TOF-Vitek MS®, secuenciación de espaciadores internos transcritos (ITS 1-5). También se diseñó una PCR punto final a partir de genes codificantes de proteínas GPI únicas para esta especie. El análisis filogenético de los aislados se realizó mediante polimorfismos en la longitud de fragmentos amplificados (AFLP de sus siglas en inglés Amplified fragment length polymorphism). La determinación de la sensibilidad antifúngica se realizó por tres métodos: microdilución colorimétrica Sensititre Yeast One (SYO), gradiente de difusión (E-test) y EUCAST y se analizó la concordancia entre los métodos. Según la CMI los aislados se clasificaron en salvajes (WT) o no salvajes (no-WT) aplicando los puntos de corte epidemiológicos (ECV) provisionales publicados para el método EUCAST. RESULTADOS En el estudio de casos y controles, realizado con el fin de conocer las características clínicas y los factores de riesgo asociados a los pacientes infectados y colonizados por C. auris, se incluyeron 228 pacientes (73 pacientes colonizados, 41 pacientes con candidemia y 114 controles). Todos los episodios de candidemia se observaron en pacientes adultos (21-81 años). El 63,4% de los pacientes que presentaron candidemia fueron hombres y el 87,8% de los episodios de candidemia se produjeron en la Unidad de Reanimación. La comorbilidad más frecuente tanto en pacientes colonizados como en pacientes con candidemia fue politraumatismo (32%), enfermedad cardiovascular (25%) y cáncer (17%). Los procedimientos invasivos más frecuentemente observados para colonización o candidemia por C. auris, en el análisis multivariado, fueron: CVC (OR, 13,48; IC 95%, 3,82-47,53), nutrición parenteral (OR, 3,49; IC 95%, 1,82-6,69), y ventilación mecánica (OR, 2,43). La tasa de mortalidad cruda fue del 58%. Las complicaciones más frecuentemente observadas fueron la candidemia de brecha, las candidemias persistentes y recurrentes junto con las complicaciones sépticas metastásicas. En cuanto a la colonización ambiental, los sitios más frecuentes de aislamiento de C. auris fueron: manguitos de esfigmomanómetros (25%), mesas de pacientes (10,2%), teclados (10,2%) y bombas de perfusión (8,2%). Los estudios de sensibilidad mostraron que todos los aislados fueron resistentes a fluconazol (CMI > 64 mg/L) por los tres métodos. Para el 60% de los aislados la CMI de voriconazol fue >1 mg/L. Posaconazol fue el azol más activo (media geométrica CMI, 0,053 mg/L, EUCAST), seguido de isavuconazol (0,066 mg/L) e itraconazol (0,157 mg/L). Las CMIs de anidulafungina, micafungina y anfotericina B fueron ≤1 mg/L por los dos métodos de microdilución utilizados (SYO y EUCAST). El porcentaje de aislados no-WT dependió del ECV aplicado; aplicando el ECV 97,5% todos los aislados fueron no-WT para fluconazol y WT para anfotericina B y equinocandinas. El acuerdo esencial (±2 diluciones) entre EUCAST y SYO fue > 93% para los ocho antifúngicos, por lo que se puede recomendar este método para determinar la sensibilidad de C. auris. Por el contrario, no se recomienda utilizar el E-test puesto que el acuerdo esencial fue bajo. La PCR punto final diseñada, basada en genes codificantes únicos de proteína GPI, mostró buena reproducibilidad y especificidad. CONCLUSIONES Los factores de riesgo para el desarrollo de candidemia por C. auris son similares a las de otras especies de Candida. La presencia de catéter venoso central, nutrición parenteral y ventilación mecánica son los factores de riesgo asociados significativamente a colonización o candidemia por C. auris. La tasa de mortalidad global es más elevada que la descrita para otras especies. La técnica de MALDI-TOF permite la identificación rápida de C. auris; pero los casos dudosos deben ser confirmados mediante métodos moleculares. Todos los aislados de C. auris del brote son resistentes a fluconazol, según los puntos de corte recomendados por el CDC. Según los ECVs todos los aislados son no-WT para fluconazol y WT para anfotericina B y equinocandinas. Por último, la tipificación molecular mediante AFLP de C. auris indica que el brote en el Hospital Universitario y Politécnico La Fe es clonal. La PCR punto final, basada en genes codificantes únicos de proteína GPI es una alternativa para la identificación rápida, precisa y económica de C. auris.	es_ES
dc.description.abstract	BACKGROUND: Candida auris is a pathogenic yeast causing hospital outbreaks, especially in intensive care units (ICUs). C. auris has some properties that make it very different from other species of Candida: i) It is hard to identify using conventional phenotypic techniques and is commonly misidentified in clinical laboratories; ii) pathogenic isolates of C. auris have emerged independently in three continents simultaneously; iii) C. auris is very resistant to antifungals displaying distinct mechanisms of antifungal resistance and some strains are demonstrated high minimum inhibitory concentrations (MICs) to all three major class of antifungal agents, extreme multidrug-resistance (XMDR); and iv) C. auris persists for weeks in healthcare environments, can colonize patients perhaps indefinitely and is easily transmitted between patients causing healthcare-associated outbreaks, mainly in critically ill patients. This features not seen before in other Candida species. C. auris is not identified or misidentified by commonly used commercial systems such as API20C®, Auxacolor® and Vitek 2®, thus delaying the appropriate antifungal therapy and the suitable measures to prevent its spread. Proteomic and molecular methods are needed in order to identify and differentiate C. auris from other close Candida species. OBJECTIVES: The aim of this study is to analyse the microbiological, epidemiological and clinical features of invasive infections and colonisations by C. auris in Hospital Universitario y Politécnico La Fe, in order to optimize the early diagnosis and therapeutic management of patients with infections by this emerging species. RESEARCH DESIGN AND METHODS: A 11-month prospective, case-controlled study was performed including a total of 228 patients (114 colonized/candidemia and 114 controls). Data from 79 candidemia episodes and 738 environmental samples were also analysed. Definitive C. auris identification was performed by MALDI TOF-Vitek MS® and ITS sequencing. In addition, two pairs of primers were designed from unique GPI protein-encoding genes to identification of C. auris. The phylogenetic analysis of the isolates was performed by Amplified fragment length polymorphism (AFLP). Antifungal susceptibility was carried out by three methods: microdilution colorimetric method Sensititre YeastOne (SYO), concentration gradient diffusion assay (E-test) and the EUCAST methodology. Essential agreement (±1 and ±2 two-fold dilutions) between methods and categorical agreement, applying the recently tentative published EUCAST ECVs, were estimated to classify the isolates as either wild-type (WT) or non- WT (harbouring mechanisms of resistance). RESULTS: A total of 114 patients were identified as being colonized or with candidemia, and 114 patients were included as controls. All candidemia events were observed in adult patients (21–81 years old), 63.4% (n=26) males and 87.8% admitted to department of anesthesiology and critical care unit. The most common underlying condition observed in both colonized and candidemia patients was polytrauma (32%), cardiovascular disease (25%), and cancer (17%). Performing a multivariate analysis, indwelling CVC (OR, 13.48), parenteral nutrition (OR, 3.49), and mechanical ventilation (OR, 2.43) remained significant predictors of C. auris colonization/candidemia. In patients with candidemia, the crude mortality observed at 30 days was 58%. The most common complications observed were breakthrough candidemia, persistent / recurrent candidemias and metastatic septic complications. C. auris was most often isolated on sphygmomanometer cuffs (25%) patient tables (10.2%), keyboards (10.2%), and infusion pumps (8.2%). Susceptibility studies showed that all isolates were resistant to fluconazole (MIC > 64 mg/L) by all three methods. For 60% of the isolates the MIC of voriconazole was >1 mg/L. Posaconazole was the most active azole (EUCAST geometric mean MIC, 0.053 mg/L), followed by isavuconazole (0.066 mg/L) and itraconazole (0.157 mg/L). The MICs for anidulafungin, micafungin and amphotericin B were ≤1 mg/L by the two microdilution methods (SYO and EUCAST). The number of non-WT isolates depended on the ECV applied; by the 97.5% ECV all isolates were non-WT for fluconazole and WT for amphotericin B and echinocandins. The essential agreement (±2 dilutions) between EUCAST and SYO was >93% for the eight antifungals, so this method can be recommended to determine the susceptibility of C. auris. In contrast, the use of E-test is not suggested due to the low essential agreement. CONCLUSIONS: Predictor conditions to C. auris colonization/candidemia are similar to other Candida species. Indwelling central venous catheter, parenteral nutrition and mechanical ventilation are the most significant risk factors of C. auris colonization or candidemia. In patients with candidemia, the crude mortality observed at 30 days was 58%, higher than that described for other species. MALDI-TOF allows rapid identification of C. auris, but ambiguous results should be confirmed by molecular methods. All isolates of C. auris from the outbreak are resistant to fluconazole and voriconazole, according to the tentative breakpoints recommended by the CDC. According to ECVs all isolates are non-WT for fluconazole and as WT for amphotericin B and echinocandins. Finally, the AFLP molecular typing of C. auris indicates that the outbreak in Hospital Universitario y Politécnico La Fe is clonal. End-point PCR, based on unique GPI protein coding genes is an alternative for rapid and accurate identification of C. auris.	en_US
dc.format.extent	165 p.	es_ES
dc.language.iso	es	es_ES
dc.subject	candida auris	es_ES
dc.subject	candidemia	es_ES
dc.subject	infección fúngica	es_ES
dc.subject	paciente crítico	es_ES
dc.subject	epidemiología	es_ES
dc.title	Análisis epidemiológico, clínico y microbiológico del brote de candidiasis invasora por Candida auris en el Hospital Universitario y Politécnico La Fe	es_ES
dc.type	doctoral thesis	es_ES
dc.subject.unesco	UNESCO::CIENCIAS MÉDICAS	es_ES
dc.embargo.terms	3 months	es_ES