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Saurí Peris, Ana
Mingarro Muñoz, Ismael (dir.) Universitat de València - BIOQUÍMICA I BIOLOGIA MOLECULAR |
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Aquest document és un/a tesi, creat/da en: 2006 | |
The cell-to-cell movement of plant virus is assisted by the viral so-called
movement proteins (MP). Functions assigned to these proteins include nucleic
acid binding, targeting to the endoplasmic reticulum (ER), and modification of the size
exclusion limit of the plasmodesmata, a membranous channel that connect
adjacent cells. Although the number and size of these proteins vary from viral
families it has been described that many of the viral MPs interact with the membranes
but the nature of this interaction is not well defined yet. Therefore, the main goal of
this study is the characterization of MPs interaction to the ER membranes. The
Carnation Mottle Virus has been used as an experimental model. This virus
encodes two MPs, a cytoplasmic soluble protein of 7 kDa, p7, which binds viral
genome, and a hydrophobic protein of 9 kDa, p9, with two putative
transmembrane segments.
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The cell-to-cell movement of plant virus is assisted by the viral so-called
movement proteins (MP). Functions assigned to these proteins include nucleic
acid binding, targeting to the endoplasmic reticulum (ER), and modification of the size
exclusion limit of the plasmodesmata, a membranous channel that connect
adjacent cells. Although the number and size of these proteins vary from viral
families it has been described that many of the viral MPs interact with the membranes
but the nature of this interaction is not well defined yet. Therefore, the main goal of
this study is the characterization of MPs interaction to the ER membranes. The
Carnation Mottle Virus has been used as an experimental model. This virus
encodes two MPs, a cytoplasmic soluble protein of 7 kDa, p7, which binds viral
genome, and a hydrophobic protein of 9 kDa, p9, with two putative
transmembrane segments.
Firstly, it has been demonstrated that p9 is, in fact, an integral membrane
protein containing two transmembrane segments and facing both N- and Cterminus
to the cytosol.
Secondly, it has been dissected the cellular pathway followed by p9 to
reach the host membranes. This viral protein is targeted to ER membrane by the
signal recognition particle, and the translocon components Sec61a and TRAM
mediate p9 integration into the membrane. The unexpected results obtained in
these studies are the following: (i) viral TM fragments integrate into the lipid
bilayer through a sequentially ordered contact to Sec61a and TRAM; and (ii)
TRAM mediates viral protein integration by collecting TM domains, which are
only partitioned into the lipid bilayer after translation termination.
Finally, it has been studied the topological determinants of p9 that
govern the proper orientation of this viral membrane protein. It has been
analysed contribution of different parameters such are distribution of positive
residues along the protein sequence, hydrophobicity of transmembrane
segments, length of extramembranous domains, and presence of aromatic
residues flanking transmembrane domains. The results demonstrate that
topological information of p9 is distributed along the amino acid sequence. This
strategy could avoid any alteration of native topology of p9 due to a random
mutation in the protein gene, a common process during viral genome
replication.RESUMEN
La propagación de una infección viral en plantas está mediada por unas
proteínas codificadas por el propio virus denominadas proteínas de movimiento
(MP). Estas proteínas unen el genoma viral de forma cooperativa y sin
especificidad de secuencia, formando unos complejos RNA-MP, que se asocian,
en la mayoría de casos, al retículo endoplasmático (RE) para ser transportados
muy posiblemente a través del citoesqueleto hacia los plasmodesmos, canales
membranosos que interconectan las células en plantas. Una vez estos complejos
alcanzan los plasmodesmos, el RNA viral es translocado a las células
adyacentes a través de un mecanismo todavía desconocido.
A pesar de la variabilidad entre las distintas familias virales en el
número y tamaño de este tipo de proteínas, se ha descrito que muchas de estas
MPs interaccionan con las membranas celulares. Sin embargo, la naturaleza de
esta interacción y los mecanismos que subyacen a este fenómeno no se han
explorado todavía. Así pues, el objetivo central de la presente tesis se ha basado
en el estudio y caracterización de la asociación de estas proteínas con la
membrana del RE. El virus objeto de estudio ha sido el Virus del Moteado del
Clavel, que codifica dos MPs, p7, una proteína soluble capaz de unir el genoma
viral y p9, que presenta dos regiones hidrofóbicas susceptibles de interaccionar
con las membranas celulares.
En primer lugar, mediante experimentos de transcripción/traducción in
vitro se ha demostrado que p9 es una proteína integral de membrana que
contiene dos fragmentos transmembrana y adopta una orientación N-/Cterminal
citoplasmática.
En segundo lugar, se ha caracterizado el mecanismo a través del cual p9
alcanza las membranas celulares. Los resultados obtenidos demuestran que la
inserción de p9 tiene lugar de forma co-traduccional y es dependiente de SRP,
un complejo ribonucleoproteico que, en general, participa en el
direccionamiento de proteínas a la membrana del RE. Además, el virus explota
la propia maquinaria celular responsable de la integración de las proteínas de
membrana celulares. Así, el complejo Sec61 y la proteína TRAM participan en el
proceso de inserción de p9. Entre los resultados obtenidos cabe destacar que (i)
los segmentos transmembrana de este virus se integran en la membrana a
través de un mecanismo secuencial y ordenado desde Sec61a a TRAM; y (ii) la
proteína TRAM media la integración de esta proteína viral desempeñando una
posible función de reclutamiento de segmentos transmembrana antes de que
éstos particionen conjuntamente a la bicapa lipídica, una vez completada la
traducción de la proteína.
Finalmente, se ha realizado un estudio de los determinantes topológicos
de la proteína que determinan su orientación en la membrana. Se ha explorado
la contribución de toda una serie de parámetros, que se han establecido como
determinantes en el caso de proteínas de membrana de procariotas o eucariotas.
Entre estos factores se encuentran la presencia de residuos cargados en la
secuencia de la proteína, la hidrofobicidad de los fragmentos transmembrana, la
longitud de dominios extramembranosos y/o la presencia de residuos
aromáticos en las regiones flanqueantes de los propios segmentos
transmembrana. Los resultados demuestran que la proteína viral p9 presenta la
información topológica distribuida a lo largo de la secuencia de aminoácidos de
la proteína. Esta estrategia impediría que la posible aparición de una mutación
no conservativa en el gen de la proteína, proceso muy habitual durante la
replicación de los genomas virales, alterara la orientación de la proteína en la
membrana y en definitiva, comprometiese su función biológica.
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