Los IBP han demostrado ser fármacos relativamente seguros después de muchos años de una amplia utilización. Las reacciones adversas con las que más frecuentemente se han asociado son leves y con escasa repercusión clínica. Inducen hipergastrinemia pero esta no se ha relacionado con una capacidad para inducir lesiones malignas Parece que pueden facilitar determinadas infecciones bacterianas a nivel digestivo y del aparato respiratorio, aunque este hecho no limita su prescripción dada la facilidad de su tratamiento. Desde el punto de vista farmacocinético se han descrito la posibilidad de interacciones con otros fármacos a nivel del citocromo P450, pero ello no parece tener mayor trascendencia clínica y terapéutica en general. Sin embargo, recientemente se está incidiendo por las agencias reguladoras en la hipotética interacción de los IBP (sobre todo omeprazol) con el clopidogrel generando una reducción en su efecto antiagregante. Aunque se debe seguir esta recomendación, necesitaria ser evaluado de forma específica para poder determinar su realidad clínica y las posibles alternativas existentes en los pacientes con riesgo de sangrado gastrointestinal. En último lugar se revisa su administración en situaciones especiales, objeto de discusión, como en la mujer embarazada o durante la lactancia materna.