Desde el punto de vista de las intervenciones en salud pública no hay mejor arma que aquella que permite prevenir la transmisión o aparición de la enfermedad. Dentro del campo de las enfermedades infecciosas las vacunas se han convertido en esa arma y han permitido controlar muchas de ellas. Hoy en día hay un gran número de enfermedades infecciosas emergentes para las que no existen vacunas o enfermedades olvidadas que están reemergiendo. Nuevas vacunas se están desarrollando para atacar a los patógenos que están relacionados con ellas. Sin embargo, y a pesar de la importancia del diseño de una buena vacuna, la diversidad genética de los patógenos no se ha tenido siempre en cuenta. El estudio de dicha diversidad puede darnos indicaciones de cómo el patógeno se adapta a la presión del sistema inmune y qué parte de la respuesta inmune es beneficiosa para el hospedador y qué parte para el patógeno. Entender dicha relación permitirá predecir cuán eficaz y universal puede ser una vacuna y ayudará a diseñarlas mejor.