En 1868 se pronunció el general Prim y hubo levantamientos en distintas ciudades, de los progresistas, los demócratas y los republicanos. El ejército interviene para cambiar gobiernos. Dos años antes, por el pacto de Ostende, Prim y otros altos militares habían llegado a un acuerdo con políticos exiliados para derrocar a Isabel II. Una grave crisis económica había provocado un amplio descontento popular. Fueron etapas difíciles, de graves enfrentamientos; la exclusión de los moderados no permitió consolidar una situación nueva. En Valencia tras la noticia de la victoria de Prim de inmediato se constituyó una junta revolucionaria. Una de sus primeras decisiones fue nombrar rector de la universidad a Eduardo Pérez Pujol, vinculado al krausismo. Se iniciaron reformas y proyectos. Se restableció la sección de historia en la facultad de letras. En la facultad de ciencias, una sección de exactas, también una facultad de farmacia. Se introduce el doctorado a todas las facultades. En la de derecho se nombraron profesores para impartirlo: Llopis Domínguez, Vicente Gadea Orozco, León de Olarieta, Ros Biosca y Ezequiel Zamora. También se crea la escuela industrial de artesanos, las de ingenieros agrónomos y de arquitectura. Pero de todos estos proyectos pocos llegaron a ser realidad, no fue fácil el rectorado para Pérez Pujol, que dedicó su energía a reconstituir las facultades mutiladas.