La endometriosis es una enfermedad ginecológica crónica, estrógeno dependiente, asociada a dolor pélvico e infertilidad. Se define por la presencia de tejido endometrial fuera de la cavidad uterina y representa uno de los desórdenes ginecológicos benignos más comunes. Los síntomas de la endometriosis son altamente variables, inespecíficos y comunes en la población general, lo que contribuye a un retraso en el diagnóstico que oscila entre 8-12 años. Actualmente, el “patrón de oro” para el diagnóstico de la endometriosis es la cirugía, normalmente mediante laparoscopia. Sin embargo, se trata de un procedimiento invasivo, que implica riesgos potenciales y no es apropiado para el seguimiento periódico de la enfermedad una vez iniciado el tratamiento. Además, las técnicas de imagen (ecografía transvaginal, resonancia magnética) y los análisis de sangre tienen un valor limitado como herramienta diagnóstica. En los últimos años, se han llevado a cabo numerosos estudios con el objetivo de encontrar un método de diagnóstico eficaz y no invasivo de la endometriosis. Sin embargo, la mayoría de las aproximaciones y biomarcadores propuestos no poseen capacidad diagnóstica suficiente para ser trasladados a la práctica clínica y además, muchos de ellos continúan siendo parcialmente invasivos. Un marcador, o una combinación de marcadores, que pudiese/n medirse en sangre y/u orina sería la forma más eficiente para el diagnóstico de esta patología. En este contexto, la aplicación de técnicas metabolómicas, que permiten la caracterización de los perfiles metabolícos y un análisis exhaustivo de las rutas bioquímicas implicadas en el inicio y progresión de las enfermedades, representa una estrategia sumamente útil. Particularmente, la metabolómica por espectroscopía de Resonancia Magnética Nuclear (eRMN) se trata de una plataforma robusta que permite la medida y cuantificación de un amplio rango de metabolitos. La eRMN es una técnica potente, no invasiva y no destructiva que puede utilizarse para identificar y cuantificar una gran cantidad de componentes metabólicos en una gran variedad de muestras biológicas. Este trabajo, por tanto, pretende sentar las bases que permitan evaluar la eficacia de la eRMN para la identificación de biomarcadores de endometriosis. Para llevar a cabo este estudio (casos/controles) se seleccionaron un conjunto de mujeres sanas y pacientes de endometriosis que, previo consentimiento informado, cumplían los criterios de inclusión/exclusión definidos para este estudio. Se ha recogido y procesado muestras plasma, orina y tejido de cada uno de las mujeres incluidas en el estudio, siguiendo los protocolos recomendados para garantizar la estabilidad y conservación de las muestras. El análisis metabolómico se ha llevado a cabo utilizando espectrómetros de RMN de alta resolución. Desde el punto de vista metodológico, la comparación de los perfiles metabolómicos de las pacientes con endometriosis respecto a las mujeres sanas incluyó las siguientes fases: adquisición de los experimentos de RMN, pre-procesado de los espectros y preparación de los datos, asignación de los espectros, análisis estadístico de los perfiles metabolómicos, identificación y cuantificación de los metabolitos e interpretación biológica de las alteraciones metabólicas identificadas. El estudio de los perfiles metabólicos mediante RMN proporciona una visión global de las alteraciones metabólicas asociadas a la endometriosis. La caracterización de los perfiles de orina y plasma, empleando una estrategia no dirigida, ha permitido la identificación de un conjunto de metabolitos cuyos niveles difieren significativamente entre las pacientes con endometriosis y el grupo control. Además, la identificación de las rutas metabólicas en las que participan dichos compuestos ha permitido establecer una relación entre los perfiles metabolómicos y los mecanismos moleculares implicados en la endometriosis. Finalmente, el análisis por RMN de los distintos tipos de tejido relacionados con la endometriosis ha permitido su caracterización metabólica en mujeres con y sin endometriosis. Frente a la invasividad que implica el análisis de este tipo de muestras, la identificación de alteraciones metabólicas asociadas a la endometriosis tiene un gran potencial para entender el metabolismo local e identificar la rutas bioquímicas implicadas en el desarrollo de la endometriosis. En estudio futuros, los perfiles metabolómicos de tejido podrían constituir una herramienta complementaria al análisis de biofluidos para el desarrollo de nuevos biomarcadores de diagnóstico de la endometriosis.