There is growing concern in the educational community, about the need to achieve better academic performance of students and solve the problem of students discipline in class. This situation has led to educational research in our country which focus on the analysis of what happens in the classroom (Esteban, Fernández, Díaz y Contreras, 2012; Murillo, Sánchez y Castilla, 2011; Pérez, Ramos y López, 2014). Besides, the study of students’ motivation is crucial to understanding the processes of teaching and enhances learning. Therefore, in recent years, identifying the factors associated with motivation research involved in physical activity has become an important subject to study (Bryan y Solmon, 2007; Cecchini, 2011; Lim y Wang, 2009). Moreover, in recent decades the motivational theories which have proved to be more useful in order to understand the educational and motivational processes in physical-sports contexts, have been the Achievement Goals Theory (Ames, 1992; Nicholls, 1989) and the Self-Determination theory (Deci y Ryan, 1985, 2008; Ryan y Deci, 2000). Based on the literature referred to above, the aim of this study was to analyze relationships among different motivational variables (motivational climate and intrinsic motivation), together with the aspects related to students’ discipline in PE classes (Reasons for being discipline; Strategies used by teachers to maintain discipline; and discipline behaviors), the experiences of students in PE classes and their academic achievement. For that reason, a sample of 2189 pupils, ages 13 to 17 years, completed the Spanish versions of the EPCM, RDS, SSDS, IMI, e ICDIEF. Data analysis has been done in the following order: (a) CFAs of the instruments used; (b) Analysis of Internal Consistency of each factor; (c) Descriptive statistics (means and standard deviation); (d) Differential Analysis by gender, age and experiences in EF; (e) Correlational Analyses between variables studied; (f) Structural Equation Modelling to predict the students’ behavior and their academic achievement; (g) Multiple Regression Analysis to predict intrinsic motivation and students’ discipline and indiscipline; and (h) Means Comparison Analysis using sample t test to determine the differences between teachers’ and students’ perceptions of the motivational climate and strategies used by teachers to maintain discipline. As a conclusion, statistical analysis have shown that: (1) The most important predictor of academic achievement was the teachers’ assessment of the students’ behavior; (2) Mastery climate, interest/enjoyment and effort/importance predicted discipline; comparison climate, perceived competence and tension/pressure predicted indiscipline; (3)Perception of mastery climate is positively related with high levels of intrinsic motivation; (4)There is a correspondence between students´ perceptions about the strategies used by teachers to maintain discipline and their own reasons for being disciplined; (5) The factors most related with pupils’ intrinsic motivation were the perception of mastery climate and the physical education experiences; and, finally, (6)There are differences between students’ and teachers’ perceptions regarding motivational climate, strategies used by teachers to maintain discipline in PE classes and discipline. From an applied perspective our results suggest, first, the importance of suggesting that teachers create mastery climates because of their positive effects upon discipline, positive attitudes towards physical activity and intrinsic motivation. On the other hand, teachers must be conscious that their perceptions do not always coincide with those of their students’. Thus, they should know what their student perceived. Knowing these discrepancies will allow them to manipulate motivational climates in order to create students’ perceptions more adjusted to their intentions.Existe una creciente preocupación, por parte de la comunidad educativa, por conseguir mejorar el rendimiento escolar de los alumnos y dar solución a la problemática relacionada con la aparición de conductas indisciplinadas que dificultan la dinámica normal de la clase y el aprendizaje de los alumnos. Esta situación, ha llevado a que la investigación educativa en nuestro país se centre cada vez más en analizar lo que pasa dentro de las aulas (Esteban, Fernández, Díaz y Contreras, 2012; Murillo, Sánchez y Castilla, 2011; Pérez, Ramos y López, 2014). Por otra parte, el estudio de la motivación de los alumnos resulta crucial para comprender los procesos de enseñanza y optimización del aprendizaje. Así pues, identificar los factores asociados a la motivación para la práctica física se ha convertido en un importante objeto de estudio en los últimos años (Bryan y Solmon, 2007; Cecchini, 2011; Lim y Wang, 2009). Por otra parte, en las últimas décadas las teorías motivacionales que más han facilitado la comprensión de los procesos educativos y motivacionales en el contexto físico-deportivo han sido la teoría de las metas de logro (Ames, 1992; Nicholls, 1989) y la teoría de la autodeterminación (Deci y Ryan, 1985, 2008; Ryan y Deci, 2000). Fundamentados en la literatura anteriormente referida, el objetivo de este trabajo ha sido analizar las relaciones entre diferentes variables motivacionales (clima motivacional y motivación intrínseca), distintos aspectos relacionados con la disciplina de los alumnos en el aula de EF (Razones de los alumnos para ser disciplinados; Estrategias utilizadas por el profesor para mantener la disciplina; y Conductas de Disciplina) , las experiencias vividas por los alumnos en EF y su rendimiento académico. Para ello, 2189 adolescentes españoles de 13 a 17 años cumplimentaron versiones españolas de la EPCM, RDS, SSDS, IMI, e ICDIEF. El análisis de los datos se ha realizado en el siguiente orden: (a) AFC de los instrumentos utilizados; (b) Análisis de Consistencia Interna de cada factor; (c) Análisis Descriptivos (M y DT); (d) Análisis Diferenciales en función del género, edad y experiencias en EF; (e) Análisis de Correlaciones entre las variables estudiadas; (f) Modelo de Ecuaciones Estructurales para predecir el comportamiento de los alumnos y su rendimiento académico; (g) Análisis de Regresión Múltiple para predecir la motivación intrínseca y las conductas de disciplina e indisciplina de los alumnos; y (h) Análisis de Comparación de medias mediante pruebas t para muestras relacionadas para determinar las diferencias entre las percepciones del profesorado y el alumnado sobre el Clima motivacional y las Estrategias que utiliza el profesor de EF para mantener la disciplina. Los análisis estadísticos han mostrado que: (1)El mejor predictor del rendimiento académico es la valoración que los profesores hacen del comportamiento de los alumnos; (2)El clima de aprendizaje, el interés/diversión y el esfuerzo/importancia predicen la disciplina; el clima de comparación, la percepción de competencia y la tensión/presión predicen la indisciplina; (3)La percepción de un clima motivacional orientado a la tarea está relacionado positivamente con niveles altos de motivación intrínseca; (4)Existe una correspondencia entre las percepciones de los alumnos sobre las estrategias que utiliza el profesor para mantener la disciplina en clase y sus propias razones para ser disciplinados; (5)Los factores más relacionados con la motivación intrínseca de los alumnos han sido la percepción del clima de maestría y las experiencias en educación física; y (6)Existe una falta de concordancia entre la valoración de alumnos y profesores, en relación con la percepción del clima motivacional en las clases de EF, las estrategias que informa utilizar el docente para mantener la disciplina en las mismas, y en la valoración que los alumnos hacen de su propia disciplina-indisciplina y la valoración del comportamiento que de ellos hacen sus profesores. Desde una perspectiva aplicada nuestros resultados sugieren, en primer lugar la importancia de proponer a los profesores la creación en sus clases de climas motivacionales orientados a la tarea por sus efectos positivos sobre la disciplina, las actitudes positivas hacia la actividad física y la motivación intrínseca. Por otro lado, los profesores deben ser conscientes de que sus percepciones no siempre coinciden con las de sus alumnos, razón por la cual deberían tratar de conocer cómo perciben sus alumnos. Conocer estas discrepancias les permitirá manipular los climas motivacionales, tal y como afirma Halvari y otros (2011), y crear percepciones de los alumnos más ajustadas a las intenciones de los profesores.