La agroindustria prometía la erradicación del hambre en el mundo, pero a pesar del aumento de la producción agrícola cerca de mil millones de personas pasan hambre y por el otro lado más de mil millones padecen sobrepeso u obesidad, con enfermedades crónicas. El sistema agroalimentario es ineficiente e insostenible, provocando la pérdida de suelos, escasez de agua, disminución de la biodiversidad y conflictos sociales. Haciendo frente al modelo agroindustrial surge la agroecología como ciencia, que se alimenta de diferentes disciplinas y en principios de manejo observados en las prácticas campesinas tradicionales, con las cuales los pueblos han ido perfeccionando los agroecosistemas a lo largo del tiempo. Se propone como nuevo paradigma a partir de una epistemología compleja y pluralista, que enfrenta paradigmas de las ciencias modernas y fundamenta procesos de transiciones agroecologícas de los sistemas agroalimentarios hacia la soberanía alimentaria. Partimos de la hipótesis de que las estructuras del sistema agroindustrial tienen sus raíces en la separación entre sociedad y naturaleza, afirmada por paradigmas de la ciencia moderna. Se hace necesario un cambio del paradigma científico y la construcción democrática de sistemas agroalimentarios desde los territorios. El objetivo es discutir el paradigma agroecológico como base para la construcción democrática de sistemas agroalimentarios más sostenibles, que garanticen la soberanía alimentaria a través del manejo ecológico de los agroecosistemas y la gestión colectiva de los recursos naturales en los territorios. Las políticas y procesos de transiciones fueron investigados en caso del Brasil, donde el gobierno ha dado apoyo a la agricultura familiar desde 2003 a través de diferentes políticas públicas. Entre 2005 y 2011 fueron realizadas evaluaciones y observaciones participativas en la región del nordeste, observando los retos enfrentados en estos procesos. Las experiencias enseñan que es posible producir alimentos de forma ecológica incluso en condiciones difíciles como en el semiárido. Por lo tanto se hace necesaria la construcción democrática de sistemas agroalimentarios desde los territorios, con el manejo ecológico de los agroecosistemas, para garantizar la soberanía alimentaria a partir de un cambio paradigmático y una nueva relación con la tierra.