La infección crónica provocada por el virus de la hepatitis C (VHC) sigue siendo un gran problema de salud pública a nivel mundial. Se estima que 200 millones de personas (3% de la población mundial) se encuentran infectadas por este virus.El tratamiento actual basado en la combinación de dos fármacos no específicos, el interferón-α pegilado y la ribavirina; provoca numerosos efectos secundarios, el tratamiento es de larga duración y además es costoso y tiene poco éxito en pacientes infectados con genotipo 1. Esto ha impulsado al desarrollo de nuevos fármacos más específicos. Los más prometedores son los dirigidos contra proteínas específicas del virus, como la proteasa NS3 o la RNA polimerasa NS5B. Sin embargo, aunque estos nuevos fármacos han demostrado un potente efecto antiviral in vitro e in vivo, se han descrito numerosas mutaciones del virus asociadas con el desarrollo de resistencias. En este trabajo nos centraremos en estudiar la variabilidad clonal del VHC (mutaciones dentro de la población de genomas del virus en un individuo infectado) en el gen NS5B, diana de los inhibidores de la polimerasa en desarrollo, y compararla con la existente en distintos aislados naturales del VHC de distintos individuos. Para ello secuenciamos el gen NS5B del VHC en aislados naturales de 28 pacientes con infección crónica y en 20 derivados de clones de un mismo individuo, para investigar la presencia de sustituciones asociadas con resistencia a estos nuevos antivirales. Los resultados obtenidos demuestran la preexistencia de aislados del VHC resistentes en pacientes nunca tratados, sobre todo a un grupo de inhibidores llamados inhibidores no nucleosídicos. Además, el análisis clonal revela la existencia de variaciones minoritarias de aminoácidos, que confieren resistencia a inhibidores específicos para la RNA polimerasa RNA dependiente NS5B, en la población de la “cuasiespecie” circulante en un individuo, no habiéndose detectado dichas mutaciones mediante secuenciación directa. La influencia de estas variaciones deberá ser evaluada antes del comienzo del tratamiento para prevenir el fracaso terapéutico de los futuros fármacos y se deberán valorar también las variantes adicionales que circulan en un mismo individuo en baja frecuencia.