La población en general espera tener una alimentación cada vez más sana y segura, con alimentos nutritivos y asequibles. Desafortunadamente, antes durante y después de la cosecha, las materias primas y los productos procesados están sometidos a la contaminación por microorganismos y hongos y, en consecuencia, por sus metabolitos secundarios, las micotoxinas. El café es uno de estos productos. La presente tesis doctoral aborda nuevas técnicas analíticas para desvelar los contenidos de estas micotoxinas en café, y evalúa el “riesgo” que representa un producto tan fuertemente instaurado en la alimentación de numerosas sociedades a lo largo de todo el mundo. Entre las diferentes metodologías analíticas estudiadas se han seleccionado dos de ellas. La primera consiste en una extracción de multimicotoxinas con acetonitrilo/agua como extractante en Ultra-Turrax, que permite el análisis simultaneo de 18 micotoxinas (ocratoxina A, aflatoxina B1, B2, G1, G2, nivalenol, deoxinivalenol, toxinas HT-2 y T-2, diacetoxyscirpenol, fumonisinas B1y B2, zearalenona, eniatinas A, A1, B, B1, y beauvericina) en café tostado. La segunda consiste en la extracción con acetato de etilo/ácido fórmico con Ultra-Turrax, que permite la extracción simultanea de 21 micotoxinas (ocratoxina A, Aflatoxinas B1 B2, G1, G2, esterigmatocistina, nivalenol, deoxinivalenol, 3-acetoxi deoxinivalenol, 15-acetoxi deoxinivalenol, diacetoxyscirpenol, neosolaniol, toxinas HT-2 y T-2, fumonisinas B1 y B2, eniatinas A, A1, B, B1, y beuvericina) desde la bebida de café preparada para su consumo. La técnica instrumental consiste en una cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas de triple cuadrupolo (CL-EM/ EM). Las propuestas se han validado obteniendo resultados satisfactorios de acuerdo con la normativa aplicable europea en cuanto a los requisitos exigidos para los métodos analíticos (CE/657/2002). La aplicación de ambos métodos analíticos a muestras comercializadas revela un alto número de muestras contaminadas por micotoxinas: con rangos de contaminación en café tostado desde 0,10 μg/kg hasta 25,86 mg/kg, y en bebida de café desde 0,69 μg/kg hasta 282,89 μg/kg. Entre las micotoxinas encontradas cabe destacar la presencia de ocratoxina A (OTA), la única micotoxina legislada en café, detectada incluso a niveles superiores a los límites máximos establecidos (5,0 μg/kg) en un pequeño número de muestras. No obstante, una parte de las muestras analizadas no presenta contaminación por ninguna de las micotoxinas analizadas. Los diferentes tipos de café estudiados no muestran diferencias significativas en la mayoría de los casos. Si bien, algunas micotoxinas como OTA o deoxinivalenol entre otras, si muestran diferencias en función del tipo de procesado o del tipo de café. Con los datos de contaminación de café combinados con la base de datos de consumo de la EFSA, se ha calculado la ingesta diaria estimada de acuerdo con las recomendaciones de la OMS. Además, se ha realizado una evaluación del riesgo mediante comparación de la ingesta diaria estimada con parámetros toxicológicos de ingesta diaria tolerable e ingesta semanal tolerable. Tras la evaluación del riesgo en adultos y adolescentes españoles, se concluye que el consumo de café no representa un riesgo potencial por su contenido en micotoxinas. No obstante, la contaminación del café por micotoxinas afecta a la ingesta diaria estimada en la dieta total, especialmente en sectores de la población con alto consumo de café. La presencia y coexistencia de micotoxinas en café, los efectos toxicológicos de las mismas y la legislación actual del café, que solo contempla la ocratoxina A, muestran la necesidad de una legislación más completa, que regule un mayor número de micotoxinas en este producto.Nowadays population desires a healthy and safety diet, with nutritive and affordable foods. Unfortunately, before, during and/or after harvesting, food products are subject to contamination by microorganism and fungi, and consequently by their secondary metabolites, the mycotoxins. Mycotoxins are toxic compounds. There are approximately 400 recognized mycotoxins, but only a few of them are present in food commodities, and some mycotoxins are regulated in foods. Coffee is an agricultural food product and is subject to contamination, the only mycotoxin regulated in coffee is ochratoxin A. This Doctoral Thesis develops new analytical technics for quantification of mycotoxins contents in coffee. In addition, implement the risk assessment of this widely consume and deeply ingrained around the world product. Among the different analytical methodologies, two of them are selected. One for the analysis of roasted coffee, consisting in an extraction with acetonitrile/water for the simultaneous analysis of 18 mycotoxins (ochratoxin A, aflatoxin B1, aflatoxin B2, aflatoxin G1, aflatoxin G2, nivalenol, deoxynivalenol, T-2 and HT-2 toxin, diacetoxyscirpenol, fumonisin B1, fumonisin B2, zearalenone, enniatin A, enniatin A1, enniatin B, enniatin B1, and beauvericin); The other one for the analysis of coffee brews consisting in an extraction with ethyl acetate/formic acid 5% for the simultaneous analysis of 21 mycotoxins (ochratoxin A, aflatoxin B1, aflatoxin B2, aflatoxin G1, aflatoxin G2, sterigmatocystin, nivalenol, deoxynivalenol, 3-acetyldeoxynivalenol, 15-acetyl deoxynivalenol, diacetoxyscirpenol, neosolaniol, HT-2 toxin, T-2 toxin, fumonisin B1, fumonisin B2, enniatin A, enniatin A1, enniatin B, enniatin B1, and beauvericin). Instrumentation consist in a liquid chromatography tandem mass spectrometry LC-MS/MS. Both analytical methods achieve satisfactory results according quality standards of the European Union regulation (CE/657/2002). The analyses of real samples indicate the presence of the studied mycotoxins in coffee beverages at concentrations ranging from 0.10 μg/kg to 25. 86mg/kg in roasted coffee samples, and from 0.69 μg/kg to 282.89 μg/kg in coffee brew. Ochratoxin A, the only mycotoxin regulated in coffee, is detected in samples, and in some cases concentration levels exceed the maximum limit established (5.0 μg/kg). However, some samples are mycotoxin free. The most coffee types do not show significant differences in the degradation of mycotoxins. Nevertheless, ochratoxin A and deoxynivalenol between others, show different behaviour by the different coffee types and coffee brewing methods. The estimated daily intake is calculated based on the recommendations of WHO. Data on mycotoxin concentrations in coffee samples, and food consumption data available from EFSA data base, have been used for the estimation. In addition, risk assessment has been performed for Spanish adults and adolescents via comparison with the tolerable daily intake or the tolerable weekly intake and with available studies of total diet. The results show that coffee intake does not represent a potential risk for consumers regarding individual mycotoxin contamination. However, contamination of coffee by mycotoxins likely affects the exposition of the total diet, and should be considered in future total diet studies. The presence and co-occurrence of mycotoxins in coffee, their toxic effects and current coffee legislation, that only include ochratoxin A, reaffirm the necessity of new coffee regulations which include a greater number of mycotoxins.