This study is based on the implementation and application of the case study method in Higher Education teaching (University Master's in Teacher Training) by the use of case study propitiated by the methodological changes from the European Higher Education Area (EHEA). This study has been applied in two groups of students of different specialties (Natural Sciences and Experimental Sciences) of the subject of Interaction and coexistence in the classroom, forming a joint sample of 98 students (N = 98). In order to analyze the learning outcomes obtained through the case method and the subject, it has been proved if there is a relation between the acquired learning through the resolution of the case and the overall learning of the subject. The results show the existence of a positive and a moderate significant correlation between both types of learning (p <.001), observing a greater correlation in the specialty of Natural Sciences in comparison with Experimental Sciences. These results show the usefulness of the case study method to improve the teaching-learning process in institutions of higher education and the importance of the use of this methodology by teachers, which could promote the acquisition of transversal competences, such as creativity, critical and metacognitive thinking skills in problem solving. The implications of this work serve to design different types of activities in which the case study method and its impact on learning are applied.Los cambios metodológicos propuestos por el Espacio Europeo de Educación Superior (EEES) han propiciado la aplicación del método del estudio de caso en distintas enseñanzas. En este estudio se analiza la aplicación del método del caso en el Máster en Profesorado de la Universidad de Zaragoza. Este estudio se ha aplicado en dos grupos de estudiantes de distintas especialidades (Ciencias Naturales y Ciencias Experimentales) de la asignatura de Interacción y convivencia en el aula, formando una muestra conjunta de 98 estudiantes (N=98). Con el fin de analizar los resultados de aprendizaje obtenidos a través del método del caso y de la asignatura, se ha comprobado si existe una relación entre los aprendizajes adquiridos a través de la resolución del caso y el aprendizaje global de la asignatura. Los resultados muestran la existencia de una correlación positiva moderada significativa entre ambos tipos de aprendizaje (p<.001), observando una correlación mayor en la especialidad de Ciencias Naturales en comparación con la de Ciencias Experimentales. Estos resultados muestran la utilidad del método del estudio de caso para mejorar el proceso de enseñanza-aprendizaje en las instituciones de educación superior y la importancia del uso de esta metodología por parte del profesorado, que podría promover la adquisición de competencias transversales, tales como la creatividad, el pensamiento crítico y metacognitivo en la resolución de problemas. Las implicaciones de este trabajo apuestan por el diseño de diferentes tipos de actividades en las que se aplica el método del caso y su impacto en el aprendizaje.