Wetlands contribute to a wealth of ecosystem services, including the regulation of the hydrological cycle for flood and drought control, and provide water supply, wildlife refuges, aesthetic enjoyment and recreational opportunities, among others. According to the Ramsar Convention, wetlands, in a broad sense, include all lakes and rivers, underground aquifers, swamps and marshes, wet grasslands, peatlands, oases, estuaries, deltas and tidal flats, mangroves and other coastal areas, coral reefs and all constructed sites, such as fish ponds, rice paddies, reservoirs and salt pans. Although these areas have a critical value to sustainable development, they are detrimentally impacted by urban growth, agricultural land reclamation and derived pollution. The water quality and the ecological status of these aquatic ecosystems can deteriorate due to, among others, eutrophication.Lake eutrophication is a critical issue in the interplay of water supply, environmental management, and ecosystem conservation. Integrated sensing, monitoring, and modeling for a holistic lake water quality assessment and ecological status with respect to multiple constituents is in acute need. On the other hand the water balance and hydrological variations are intimately tied to potential changes in a lentic ecosystem. Understanding the dynamics of water in lakes helps the goal of conservation and recovery of these valuable ecosystems. This is especially relevant given several environmental initiatives, such as the European Water Framework Directive (WFD), which came into force in 2000, and the Habitats Directive, delivered in 1992. These directives require each member state in the European Union to achieve a good ecological/conservation status for their water bodies and associated habitats and species, forcing the establishment of conservation actions. Remote sensing techniques can be used to estimate water quality variables such as the concentration of chlorophyll-a, of total suspended particles, and water transparency. The first part of thisThesis describes empirical algorithms for the estimation of these variables using Landsat Thematic Mapper (TM) data. In this case, the ground data were taken from several Spanish lakes covering a variety of trophic statuses, ranging from oligotrophic to hypereutrophic. The studied lakes were la Albufera de Valencia and lakes and ponds of the Southeast Regional Park in Madrid. Empirical equations were obtained to estimate chlorophyll-a from the ratio in reflectance values between bands 2 and 4 of TM, transparency (Secchi disk) from reflectance in band 2, and total suspended particles from reflectance in band 4. The spectral equivalence between TM and Deimos-1 was also tested. By applying the proposed algorithms to this sensor, the temporal resolution is improved by up to 3 days, and this also increases spatial resolution to 22 m. The algorithms were validated using 3 Deimos-1 scenes of la Albufera de Valencia together with ground measurements. Results of this validation showed root mean square errors of 40 mg/m3 for chlorophyll-a concentration (Mean absolute difference percentage MADP = 22%), 10 mg/l for total suspended particles concentration (MADP=15%) and 0.10 m for SD (MADP=40%). Then, results were acceptable in terms of chlorophyll-aand total suspended particles concentration estimation with MADP values of ±22% and ±15%, respectively. In any case, these results show the potential of Deimos-1 as a substitute of TM in water quality monitoring in small/medium water bodies, providing continuity to 3 decades of TM imagery. Following this work, we developed an integrated algorithm for data fusion and mining of satellite remote sensing images to generate daily estimates of some water quality parameters of interest, such as chlorophyll-a concentrations and water transparency, to be applied for the assessment of the water quality of la Albufera de Valencia. In this case, remote sensing data from Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer (MODIS) and Landsat Thematic Mapper (TM) and Enhance Thematic Mapper (ETM+) images were fused to carry out an integrative near-real time water quality assessment on a daily basis. Landsat images are useful to study the spatial variability of the water quality parameters, due to its spatial resolution of 30 m, in comparison to the low spatial resolution (250/500 m) of MODIS. While Landsat offers a high spatial resolution, the low temporal resolution of 16 days is a significant drawback to achieve a near real-time monitoring system. This gap may be bridged by using MODIS images that have a high temporal resolution of 1 day, in spite of its low spatial resolution. Synthetic Landsat images were fused for dates with no Landsat overpass over the study area. Finally, with a suite of ground truth data, a few genetic programming (GP) models were derived to estimate the water quality using the fused surface reflectance data as inputs. The GP model for chlorophyll-a estimation showed a Root Mean Square Error (RMSE) = 8 mg/m3(MADP=6%), and the GP model for water transparency estimation using Secchi disk showed a RMSE = 4 cm (MADP=9%). This methodology improves the traditional effort by means of linear regression techniques, as shown above. The spatio-temporal variations of water transparency and chlorophyll-a concentration can be then monitored simultaneously on a daily basis throughout the lake for environmental management. Sentinel-2 offers the opportunity to continue with this inland water quality monitoring task, thanks to its 5-day revisit cycle and 10-30 m spatial resolution. In the framework of the Sentinel-2 preparatory activities, the ESA developed the SPOT5 take-5 experiment. From early April to the end of August 2015, SPOT-5 satellite was relocated in a 5-day orbit, before being decommissioned. Based on the spectral matching between both VNIR sensors, SPOT-5 was used to simulate Sentinel-2 products and show the benefits of its high spatial resolution to monitor small water bodies.Then, we developed algorithms to estimate the water quality parameters from SPOT-5 images in three water bodies belonging to the Júcar river basin. Several experimental campaigns were carried out concurrent with SPOT-5 overpasses or close in date to accomplish this aim. Chlorophyll-a concentration, transparency and total suspended particles concentration were measured in la Albufera de Valencia. Again, genetic programming models were used to generate nonlinear regression equations between ground measurements and reflectance values from the SPOT-5 spectral bands. Results showed MADP values of ± 8%, ± 5% and ± 10% in the estimation of chlorophyll-a concentration, transparency and total suspended particles concentration, respectively. Focusing on la Albufera de Valencia Lake, results are similar to those already reported in the previous work. These results show the potential of Sentinel-2 to monitor and study the spatio-temporal trend of these water quality parameters. On the other hand, remote sensing technologies also facilitate the content-based mapping over space and time, leading to multitemporal change detection of the hydrological variations in wetlands. Mapping surface water bodies allows for the investigation of water balance dynamics by providing information on the temporal and spatial variations of surface water coverage, this being especially relevant under the current climate change scenario. The Biosphere Reserve of La Mancha Húmeda is currently the main wetland area in the Iberian Peninsula. This Lake District is one of the wetland complexes most threatened by anthropogenic activity, mainly by groundwater overexploitation due to excessive use for irrigated agriculture. This area is an important refuge for endangered waterfowl species, following the protection criteria for birds in Europe, and also holds endangered habitats. Because of its natural and ethnographic values, it was designated a Biosphere Reserve.This reserve comprises a set of temporary lakes, often saline, where water level fluctuates seasonally. Water inflows come mainly from direct precipitation and runoff of small lake watersheds. Most of these lakes lack surface outlets and behave as endorheic systems, where water withdrawal is mainly due to evaporation, causing salt accumulation in the lake beds. Remote sensing was also used to estimate the temporal variation of the flooded area in these lakes and their associated hydrological patterns related to the seasonality of precipitation and evapotranspiration. Landsat 7 ETM+ images for the reference period 2013–2015 were jointly used with ground-truth datasets. Several inverse modeling methods, such as two-band and multispectral indices, single-band threshold, classification methods, artificial neural network, support vector machine and genetic programming, were applied to retrieve information on the variation of the flooded areas. Results were compared to ground-truth data, and the classification errors were evaluated by means of the kappa coefficient. Comparative analyses demonstrated that the genetic programming approach yielded the best results, with a kappa value of 0.98 and a total error of omission-commission of 2%. The dependence of the variations in the water-covered area on precipitation and evaporation was also investigated. The results show the potential of the tested techniques to monitor the hydrological patterns of temporary lakes in semiarid areas, which might be useful for management strategy-linked lake conservation and specifically to accomplish the goals of both the European Water Framework Directive and the Habitats Directive.Los humedales aportan una gran cantidad de servicios ecosistémicos, incluyendo la regulación del ciclo hidrológico para el control de inundaciones y la sequía. También proporcionan suministro de agua, refugios de vida silvestre, y oportunidades de recreación, entre otros. A pesar de que estas áreas tienen un valor fundamental para el desarrollo sostenible, se ven totalmente afectadas por el crecimiento urbano, la extensión de tierras agrícolas y la contaminación derivada de todo ello. La calidad de las aguas y el estado ecológico de los ecosistemas acuáticos se pueden ver deteriorados por el proceso de eutrofización. Éste produce cambios físicos, químicos y biológicos en la masa de agua. Para poder aplicar las herramientas necesarias para la conservación y recuperación de estos valiosos sistemas también se necesita de la comprensión de la dinámica del agua, ya que el balance de agua y las variaciones hidrológicas en los humedales están íntimamente ligados a los cambios potenciales que se producen en estos sistemas. La implantación de la Directiva Marco del Agua y Hábitats ha implicado que se realicen numerosos estudios de calidad y detección de agua sobre estos ecosistemas, con el objetivo de su cumplimiento en los plazos acordados. Estas directivas exigen que cada estado miembro de la Unión Europea establezca las medidas necesaria para lograr un buen estado ecológico/conservación de sus recursos hídricos, hábitats y especies asociadas. La teledetección es una herramienta útil para poder estimar diferentes parámetros de interés en numerosos campos de investigación, entre ellos el estudio de la variabilidad de la cobertura u otras características del agua y el estudio de la calidad de masas de agua. En la primera parte de esta Tesis se describe como se han utilizado algoritmos empíricos para la estimación de parámetros de calidad tales como concentración de clorofila-a, partículas en suspensión y transparencia a partir de datos de Landsat Thematic Mapper (TM). En esta parte del estudio, se utilizarondatos insitu de varias masas de agua españolas que cubren una variedad de estados tróficos diferentes, abarcando de oligotróficos a hipereutróficos. Las masas de agua utilizadasfueron la Albufera de Valencia y 3 lagunas situadas en el Parque Regional del Sureste de Madrid. Aplicando estos algoritmos a imágenes Deimos-1, aprovechando su equivalencia espectral con TM, se mejoró la resolución temporal a 3 días y se aumentó la resolución espacial a 22 m. Los algoritmos se validaron utilizando 3 escenas de Deimos-1 en la Albufera de Valencia, junto con datos in situ. Los resultados de esta validación mostraron valores del error cuadrático medio de 40 mg/m3 (porcentaje de diferencia de media absoluta MADP = 22%) para la estimación de concentración de clorofila-a, en el caso de la estimación de concentración de partículas en suspensión 10 mg/l (MADP = 15%) y 0,10 m para la transparencia (MADP = 40%). Por tanto, los resultados obtenidos fueron aceptables en términos de estimación de concentración de clorofila-a y de partículas en suspensión. En cualquier caso, estos resultados muestran el potencial de Deimos-1 como un sustituto de TM para el control de la calidad del agua en cuerpos de aguade pequeño/mediano tamaño, proporcionando una continuidad a 3 décadas de imágenes TM. Por otra parte también se mejoró la resolución temporal de las imágenes TM mediante técnicas de fusión de imágenes, así se pudieron generar estimaciones casi diarias de algunos parámetros de calidad del agua de interés, tales como la concentración de clorofila-a y transparencia de agua en la Albufera de Valencia. En este caso, correspondiente a la segunda parte de la Tesis, los datos consistieron en imágenes de MODIS (Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer), de TM y de ETM+ (Enhance Thematic Mapper). Las imágenes de Landsat pueden ser útiles para estudiar la variabilidad espacial de los parámetros de calidad del agua, debido a su resolución espacial de 30 m, en comparación con la baja resolución espacial (250/500 m) de MODIS. Mientras Landsat ofrece una media resolución espacial, la baja resolución temporal de 16 días es un inconveniente importante para poder realizar el control en tiempo casi real. Esta diferencia se puede solventar mediante el uso de imágenes MODIS que tienen una alta resolución temporal de 1 día, a pesar de su baja resolución espacial. Con todo esto se generaron imágenes sintéticas de Landsat para fechas en las que Landsat no pasa sobre el área de estudio. Por último, se desarrollaron algoritmos, mediante programación genética, para realizar la estimaciónde parámetros de calidad de agua utilizando como entrada los datos de reflectividad de superficie. El algoritmo genético para la estimación de concentración de clorofila-a mostró un error cuadrático medio (RMSE) = 8 mg / m3 (MADP = 6%), y el modelo de estimación de transparencia del agua un RMSE = 4 cm (MADP = 9 %). Esta metodología mostró mejores resultados que los obtenidos por medio de las técnicas utilizadas en la primera parte de la Tesis (modelos linealizables). Sentinel-2 ofrece la oportunidad de continuar con la tarea del control de calidad de las aguas continentales, gracias a su ciclo de revisita de 5 días y la resolución espacial de 10-30 m. En el marco de las actividades preparatorias de Sentinel-2, la ESA desarrolló el experimento SPOT take 5. Desde principios de abril hasta finales de agosto de 2015, la órbita del satélite SPOT-5 fue reubicada a una órbita de 5 días antes de ser dado de baja. En basea la equivalencia espectral entre ambos sensores, se utilizó SPOT-5 para simular productos de Sentinel-2 y así mostrar los beneficios de su alta resolución espacial para realizar el control de pequeñas masas de agua. En la tercera parte de esta Tesis se desarrollaronalgoritmos para estimar los parámetros de calidad del agua en tres cuerpos de agua pertenecientes a la cuenca del río Júcar con los datos de estas imágenes. Para este propósito se llevaron a cabo varias campañas experimentales simultáneas con el paso de SPOT-5 o próximas a la fecha de pasada. Una vez más, se hizo uso de la programación genética para generar ecuaciones de regresión no lineales entre las medidas de campo y los valores de reflectividad de las bandas de SPOT-5. Los resultados mostraron valores MADP de ± 8%, ± 5% y ± 10% en la estimación de concentración de clorofila-a, transparencia y la concentración de partículas en suspensión, respectivamente. Centrándonos en la Albufera de Valencia, los resultados fueron similares a los que se obtuvieron previamente. Con estos resultados se puede ver el potencial de Sentinel-2 para el control y estudio de la evolución espacio-temporal de estos parámetros de calidad del agua. Por otra parte, la teledetección también sirve como herramienta para la detección y seguimiento de humedales. En este caso, el seguimiento de inundación de las masas de agua permite la investigación de la dinámica del balance de agua, proporcionando información sobre las variaciones temporales y espaciales de la lámina de agua, siendo esto especialmente relevante para su conservación o, en su caso, su recuperación. La Reserva de la Biosfera de la Mancha Húmeda es actualmente una de las principales zonas de humedales en la Península Ibérica. Esta región es uno de los complejos de humedales más amenazados por actividades antropogénicas, principalmente por la sobreexplotación de las aguas subterráneas debido a un uso excesivo de la agricultura de riego. Esta zona es un importante refugio para especies de aves acuáticas en peligro de extinción, siguiendo los criterios de protección para las aves en Europa. Esta reserva comprende un conjunto de lagunas permanentes y temporalesdonde el nivel del agua fluctúa estacionalmente. La mayoría de estas lagunas carecen de medios de superficie y se comportan como sistemas endorreicos, donde la extracción de agua se debe principalmente a la evaporación, causando la acumulación de sales en los lechos de los lagos. El objetivo de esta última partede la Tesis era el de desarrollar una metodología para evaluar las variaciones en la cubierta de agua de lagunas temporales a través de imágenes de satélite para monitorizar la tendencia hidrológica de dichas masas de agua. En esta parte de la Tesis se utilizaron imágenes Landsat 7-ETM+ por su idoneidad para estudiar masas de agua de pequeño-mediano tamaño. Se aplicaron diferentes métodos de discriminación de pixeles de agua y tierra, como índices de vegetación y agua, reflectividad en bandas simples, métodos de clasificación supervisada, redes neuronales artificiales, máquinas de soporte vectorial y programación genética. Los resultados se compararon con medidas in situ coincidentes en fecha con el paso del sensor, y la bondad de los distintos métodos se evaluó mediante el coeficiente kappa. Finalmente, la programación genética obtuvo los mejores resultados, con un valor kappa de 0,98 y un error total de omisión-comisión del 2%. También se investigó la dependencia de las variaciones en el área cubierta por agua con la precipitación y evaporación. Los resultados mostraron el potencial de las técnicas probadas para monitorearlos patrones hidrológicos de lagunas temporales en zonas semiáridas, que podrían ser útiles para implementar la estrategia ligada a la gestión de conservación de las lagunas y, específicamente, para lograr los objetivos tanto de la Directiva Marco del Agua como los de la Directiva de Hábitats.