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Bacteriemias y fungemias en pacientes con infección abdominal en el Hospital Universitario Dr. Peset de Valencia durante los años 2011-2013

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Bacteriemias y fungemias en pacientes con infección abdominal en el Hospital Universitario Dr. Peset de Valencia durante los años 2011-2013

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dc.contributor.advisor Camarena Miñana, Juan José
dc.contributor.advisor Armero Ibáñez, Rocío
dc.contributor.advisor Morales Suárez-Varela, María M.
dc.contributor.author Martín Jaramago, Julia
dc.contributor.other Departament de Microbiologia i Ecologia es_ES
dc.date.accessioned 2017-04-28T06:49:32Z
dc.date.available 2017-04-29T04:45:05Z
dc.date.issued 2017 es_ES
dc.date.submitted 17-04-2017 es_ES
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10550/58319
dc.description.abstract ABSTRACT Introduction: In recent decades there has been a profound change in the epidemiology and etiology of bacteremias and fungemia with an increase in resistance to antimicrobials used. Bacteremias and fungemias of abdominal origin continue to be very prevalent, and unfortunately, the associated morbimortality is very high. The diagnosis of bacteremia of abdominal origin is microbiological, with isolation of the microorganisms in the blood, supported by a clinical diagnosis to determine the abdominal infectious focus. The isolation of microorganisms in abdominal fluid is therefore not necessary for the diagnosis of bacteremia and the extraction of cultures of abdominal fluids is not performed systematically in clinical practice. The association between microorganisms isolated from the abdominal fluid and those isolated from the blood culture in patients with bacteremia of abdominal origin has not been demonstrated. Hypothesis and objectives: Our hypothesis is that if we knew the microorganisms isolated in the abdominal fluid and those isolated in the blood culture in patients with bacteremia of abdominal origin we could know if the microorganisms that cause abdominal infection are the same that cause bacteremia in these patients. The main objective is to know the microorganisms causing bacteremia and / or fungemia in patients with bacteremia and / or fungemia of abdominal origin in the University Hospital Dr. Peset of Valencia during the years 2011-2013. Secondary objectives are: i) to analyze the relationship between isolated microorganisms in blood samples and isolated in abdominal fluid culture; ii) to know and analyze the degree of susceptibility / resistance of these microorganisms to antimicrobials; and iii) to determine the risk factors associated with mortality associated with infection in these patients. Material and methods: A retrospective cohort study of all adult patients with bacteremia and / or fungemia whose primary infectious focus was of abdominal origin admitted to the University Hospital Dr. Peset of Valencia during the years 2011-2013. An "ad hoc" database was constructed for this study based on an exhaustive review of the patient's Computerized Clinical Record and the Clinical Microbiology Database, whose unit of study was the patient. The variables age, sex, pathological history, main diagnosis of admission and if there was readmission were obtained, blood cultures including antibiogram and / or antifungigram and abdominal culture results including antibiogram and / or antifungigram when it was concomitant with the blood culture ,control of the infectious focus, antimicrobial treatment used, adequacy of antimicrobial treatment to blood culture and abdominal fluid, days of hospitalization and associated and crude mortality. The description of the continuous variables was expressed as mean ± standard deviation (SD) and 95% confidence intervals (95% CI). Qualitative variables using frequencies and percentages (%). Chi-square test, Fisher test and Wilcoxon test were used for the qualitative variables; When the expected numbers were <5 the McNemar test was used. Quantitative variables were assessed for normality of distribution using the Kolmogorov-Smirnov test and those with a p <0.05 were considered non-parametric. When they had normal distribution, they were compared using the Student's t test if they were two groups and the Anova test if they were more than two groups. Mann-Whitney U-test was used when a non-normal distribution was presented. The risk (crude odds ratio) of mortality was assessed. All tests were two-sided. The value of p ≤ 0.05 was considered statistically significant. Results: Of a total of 1245 patients with significant bacteremia, 212 patients (17%) had bacteremia of abdominal origin. The abdominal infectious focus was the third infectious focus of all bacteriemias after urinary and respiratory. Gram-negative bacilli were the most common microorganisms involved in the bacteremia of these patients (79.2%), with Escherichia coli (47.6%) followed by Klebsiella pneumoniae (11.3%). Gram-positive microorganisms (41%) include coagulase-negative staphylococci (SCN) and enterococci. The fungemia (11.7%) were all candidemias, with Candida non-albicans being more frequent than Candida albicans. This distribution of microorganisms involved in global is maintained in the isolates in the first bacteremia of the first admission of each patient and in the isolates of the second admission when there was, but not in the second or successive bacteriemias within each admission, where the predominant Gram-positive bacilli. It is therefore very interesting to study the bacteriemic processes at each admission to detect modifications in microbiological etiology. Abdominal fluid cultures were only requested in 45 of the 212 patients (21.2% of the patients) and in 2 of them there were 2 different episodes of bacteremia with abdominal fluid collection (47 cases). In 4 of these cases (8,5%) the result of the abdominal fluid was negative, and in the remaining 43 (91.4%) there were 27 cases (57.4%) with some microorganism in the blood culture and in the liquid abdominal. There was, therefore, an association between the result of the abdominal fluid and the blood culture but without statistical significance. Whenever possible, abdominal fluid cultures should be requested. Regarding the resistance profile, the high incidence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (50%), the detection of endo-epidemic focus of coagulase negative staphylococci resistant to linezolid (20.5%), the low incidence of enterococci resistant to vancomycin (3.1%), BLEE (9.9%), Pseudomonas aeruginosa resistant to fluorquinolones and/or carbapenem (25%) and multiresistant Acinetobacter baumanii including carbapenem (100%). The associated mortality was 13.2%. Male, oncological disease, postoperative diagnosis of hepatectomy, postoperative bowel resection and suture dehiscence, and isolated microorganisms in coagulase negative staphylococcus and Candida albicans in hemocultures were independently associated with mortality.   en_US
dc.description.abstract RESÚMEN Introducción: En las últimas décadas se ha producido un profundo cambio en la epidemiología y etiología de las bacteriemias y fungemias con un aumento de las resistencias a los antimicrobianos utilizados. Las bacteriemias y fungemias de origen abdominal continúan siendo muy prevalentes, y desgraciadamente, la morbimortalidad asociada muy elevada. El diagnóstico de bacteriemia de origen abdominal es microbiológico, con aislamiento de los microorganismos en sangre, apoyado de un diagnóstico clínico para determinar el foco infeccioso abdominal. El aislamiento de microorganismos en líquido abdominal por lo tanto, no es necesario para el diagnóstico de la bacteriemia y/o fungemia de origen abdominal y la extracción de cultivos de líquidos abdominales no se realiza de forma sistemática en la práctica clínica. No se ha demostrado la asociación que existe entre los microorganismos aislados en el líquido abdominal y los aislados en el hemocultivo en los pacientes con bacteriemia de origen abdominal. Hipótesis y objetivos: Nuestra hipótesis es que si conociésemos los microorganismos aislados en el líquido abdominal y los aislados en el hemocultivo en los pacientes con bacteriemia de origen abdominal podríamos saber si los microorganismos que causan la infección abdominal son los mismos que causan la bacteriemia en estos pacientes. El objetivo principal es conocer los microorganismos causantes de bacteriemia y/o fungemia en los pacientes con bacteriemia y/o fungemia de origen abdominal en el Hospital Universitario Dr. Peset de Valencia durante los años 2011-2013. Los objetivos secundarios son: i) analizar la relación existente entre los microorganismos aislados en las muestras de sangre y los aislados en el cultivo de líquido abdominal, ii) conocer y analizar el grado de sensibilidad/resistencia de estos microorganismos a los antimicrobianos y iii) determinar los factores de riesgo relacionados con la mortalidad asociada a infección en estos pacientes. Material y métodos: Se realizó un estudio de cohorte retrospectiva de todos los pacientes adultos que presentaron bacteriemia y/o fungemia cuyo foco infeccioso primario fue de origen abdominal ingresados en el Hospital Universitario Dr. Peset de Valencia durante los años 2011-2013. Se construyó una base de datos “ad hoc” para este estudio a partir de la revisión exhaustiva de la Historia Clínica informatizada del paciente y la Base de datos de Microbiología Clínica, cuya unidad de estudio fue el paciente. Se recogieron las variables edad, sexo, antecedentes patológicos, diagnóstico principal del ingreso y si hubo reingreso, resultado de los hemocultivos incluyendo antibiograma y/o antifungigrama y resultado de los cultivos de abdominales incluyendo antibiograma y/o antifungigrama cuando éste fue concomitante con el hemocultivo, control del foco infeccioso, tratamiento antimicrobiano utilizado, adecuación del tratamiento antimicrobiano al resultado del hemocultivo y del líquido abdominal, días de ingreso hospitalario y mortalidad asociada y cruda. La descripción de las variables contínuas se expresó mediante la media ± desviación estándar (DE) e intervalos de confianza 95% (IC 95%). Las variables cualitativas mediante frecuencias y porcentajes (%). Para las variables cualitativas se utilizaron los test Chi-cuadrado, test de Fisher y test de Wilcoxon; cuando los efectivos esperados fueron <5 se utilizó el test de McNemar. Las variables cuantitativas se valoraron en cuanto a la normalidad de su distribución utilizando el test de Kolmogorov-Smirnov y se consideró que aquellas que presentaban una p<0,05 eran de distribución no paramétrica. Cuando presentaron distribución normal se compararon mediante el test t de student si se trataba de dos grupos y el test de Anova si se trataba de más de dos grupos. Cuando presentaron una distribución no normal se utilizó el test U de Mann-Whitney. Se valoró el riesgo (Odds ratio crudo) de mortalidad. Todos los test fueron de dos caras. El valor de p ≤ 0,05 se consideró estadísticamente significativo. Resultados: De un total de 1245 pacientes con bacteriemia significativa, 212 pacientes (17%) presentaron bacteriemia de origen abdominal. El foco infeccioso abdominal fue el tercer foco infeccioso de todas las bacteriemias después del urinario y el respiratorio. Los bacilos gramnegativos fueron los microorganismos más comúnmente implicados en las bacteriemias de estos pacientes (79,2%), siendo el más frecuente fue Escherichia coli (47,6%) seguido de Klebsiella pneumoniae (11,3%). De los microorganismos grampositivos (41%) destacan los estafilococos coagulasa negativos (SCN) y los enterococos. Las fungemias (11,7%), fueron todas candidemias, siendo las Candida no-albicans más frecuentes que las Candida albicans. Esta distribución de microorganismos implicados en global se mantiene en los aislados en la primera bacteriemia del primer ingreso de cada paciente y en los aislados del segundo ingreso cuando lo hubo, pero no en las segundas o sucesivas bacteriemias dentro de cada ingreso, en dónde predominan los bacilos grampositivos. Resulta por lo tanto muy interesante estudiar los procesos bacteriémicos en cada ingreso para detectar modificaciones en la etiología microbiológica. Solamente se solicitaron cultivos de líquidos abdominales a 45 de los 212 pacientes (21,2% de los pacientes) y en 2 de ellos hubo 2 episodios distintos de bacteriemia con recogida de líquido abdominal (47 casos). En 4 de estos casos (8,5%) el resultado del líquido abdominal fue negativo, y en los 43 restantes (91,4%) hubo 27 casos (57,4%) con algún microorganismo coincidente en el hemocultivo y en el líquido abdominal. Existió, por lo tanto, asociación entre el resultado del líquido abdominal y del hemocultivo pero sin significación estadística. Siempre que sea posible, se deben solicitar cultivos de líquidos abdominales. Respecto al perfil de resistencias destaca la elevada incidencia de Staphylococcus aureus resistente a meticilina (50%), la detección de foco endo-epidémico de estafilococos coagulasa negativos resistentes a linezolid (20,5%), la baja incidencia de enterococos resistentes a vancomicina (3,12%), las cepas BLEE de enterobacterias (9,9%), las cepas de Pseudomonas aeruginosa resistentes a fluorquinolonas y/o carbapenem (25%) y las cepas de Acinetobacter baumanii multirresistentes incluyendo a carbapenem (100%). La mortalidad asociada fue del 13,2%. Se asociaron independientemente con mortalidad los siguientes factores: sexo varón, enfermedad oncológica, diagnóstico de postoperatorio de hepatectomía, postoperatorio de resección intestinal y dehiscencia de sutura y microorganismos aislados en el hemocultivo estafilococo coagulasa negativo y Candida albicans. es_ES
dc.format.extent 129 p. es_ES
dc.language.iso es es_ES
dc.title Bacteriemias y fungemias en pacientes con infección abdominal en el Hospital Universitario Dr. Peset de Valencia durante los años 2011-2013 es_ES
dc.type doctoral thesis es_ES
dc.subject.unesco UNESCO::CIENCIAS MÉDICAS es_ES
dc.embargo.terms 0 days es_ES

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