En la presente Tesis Doctoral se han desarrollado y validado diferentes procedimientos analíticos para determinar la presencia de micotoxinas clásicas y emergentes en alimentos de origen vegetal y animal. La metodología empleada varía según la matriz y las micotoxinas a determinar y ha sido validada de acuerdo a la normativa europea con resultados satisfactorios en cuanto a linealidad, exactitud, precisión y límites de detección y cuantificación. Por lo que respecta a la presencia de micotoxinas en alimentos de origen vegetal, destacan los elevados contenidos de eniatinas y beauvericina detectados en frutos secos y frutas desecadas. En las materias primas empleadas en la elaboración de piensos se detectaron concentraciones elevadas en alfalfa deshidratada, salvado de trigo y arroz. Por lo que respecta a los piensos analizados, los resultados muestran la elevada prevalencia de estas micotoxinas en las muestras analizadas (92%), siendo la eniatina B (ENN B) y la eniatina B1 (ENN B1) las más abundantes. En muestras de pasta de trigo y de maíz y arroz (sin gluten) se ha detectado la presencia de micotoxinas clásicas, principalmente tricotecenos, fumonisinas y zearalenona y micotoxinas emergentes de Fusarium. La contaminación con micotoxinas de piensos elaborados a partir de materias primas vegetales, como cereales y otras fuentes proteicas de origen vegetal, supone un impacto sobre los consumidores, ya que éstas pueden acumularse en los tejidos animales y entrar así en la cadena alimentaria a través de productos derivados de los animales alimentados con piensos contaminados. Por ello, se han analizado muestras de pescado de diferentes especies (lubina, dorada, salmón y trucha arcoíris) y diferentes muestras de sushi, salmón y trucha ahumados y sucedáneo de gulas. Los resultados muestran la presencia de eniatinas en muestras de pescado, en cambio, en las muestras de pescado transformado no se detectan contenidos ni en salmón y trucha ahumados ni en los diferentes tipos de sushi analizados, sin embargo, sí se detectan contenidos de eniatina B y fusarenona-X en muestras de sucedáneo de gula. Estos resultados sugieren la mitigación de las micotoxinas por el procesado de los alimentos. Además, mediante espectrometría de masas de alta resolución (HRMS) se ha realizado la identificación de 40 micotoxinas, además de las eniatinas, en muestras de salmón (Salmo salar). Los tratamientos térmicos aplicados a los alimentos muestran la mitigación de las micotoxinas emergentes de Fusarium. Los porcentajes de reducción obtenidos oscilaron entre 30 y 100%, dependiendo de la muestra, de la micotoxina analizada y de la especie animal. Tras la aplicación de diferentes procesos de cocción se han identificado 2 productos de degradación de la ENN A1 en muestras de pescado, caracterizados por la pérdida de subunidades de isoleucina. El empleo del análisis mediante LC-Q-TOF de las muestras de músculo de salmón ha permitido la identificación de un metabolito del deoxinivalenol (DON), el deepoxi-deoxinivalenol (DOM-1). DOM-1 se forma por acción de las bacterias del tracto digestivo de diferentes especies mediante una reacción de de-epoxidación en el grupo epoxi de los tricotecenos (TCs) y también por reacción enzimática en los microsomas hepáticos.Different analytical methods have been validated in this Doctoral Thesis in order to determine the occurrence of classic and emerging mycotoxins in both vegetal and animal origin foodstuffs. These methods vary depending on the matrix and the mycotoxins analyzed and have been validated according to European Commission guidelines with satisfactory results in terms of linearity, precission, trueness and limits of detection and quantification. Regarding mycotoxin occurrence in vegetal foodstuffs, ennaitin and beauvericin contents must be highlighted in nuts and dried fruits. In analyzed raw materials employed in feed manufacture, dehydrated alfalfa, wheat bran and rice showed higher contents than other raw materials. In analyzed feed samples, results showed the high prevalence of mycotoxins (92%), being enniatin B (ENN B) and enniatin B1 (ENN B1) the most prevalent. In wheat pasta and gluten-free pasta (maize and rice) mycotoxin occurrence has been determined. Both classic (mainly trichotecenes, fumonisins and zearalenone) and emerging Fusarium mycotoxins have been detected. The presence of mycotoxins in feed manufactured with vegetal raw materials, such as cereals and other vegetal protein sources, pose a risk to consumers as they can be accumulated in animal tissues. In this sense, the mycotoxin occurrence in animal derived products has been assessed. Four different fish species have been analyzed (sea bass, sea bream, salmon and rainbow trout) and also different types of sushi, smoked salmon and trout and gula substitute. Results showed enniatin occurrence in fish samples, however, regarding processed fish, no contamination was detected in smoked fish and sushi samples, but enniatin B and fusarenon-X were detected in gula substitute samples, suggesting their mitigation by processing steps. Furthermore, 40 mycotoxins among enniatins have been identified in salmon samples (Salmo salar) by high resolution mass spectrometry (HRMS). Thermal treatments applied to foodstuffs have shown the mitigation of emerging Fusarium mycotoxins, showing reduction percentages between 30 and 100%, depending on the matrix, the mycotoxin analyzed and the animal specie. After the application of different cooking techniques to fish fillets, two degradation products from ENN A1 have been identified, characterized by the loss of isoleucine units. Finally, one metabolite (deepoxy-deoxynivalenol) derived from deoxynivalenol (DON) metabolism has been identified by LC-Q-TOF in edible tissue samples of salmon. DON is transformed to deepoxy-deoxynivalenol (DOM-1) via deepoxidation and deacetylation by microorganisms from the digestive tract and also by enzymatic reaction in hepatic miscrosomes.