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Picazo Campos, Cecilia
Aranda Fernández, Agustín (dir.); Matallana Redondo, Emilia (dir.) Departament de Bioquímica i Biologia Molecular |
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Aquest document és un/a tesi, creat/da en: 2017 | |
The stationary phase is a stage of non-division in which the cells survive through the use of stored energy reserves and by activation of survival mechanisms. This stationary phase spans most of the time in wine fermentation in which the cells are however metabolically active. The ability of cells to survive in a state of no division is called the Chronological Life Span (CLS). In thisthesis, the integration between the nutrient signaling pathways and the response against oxidative stress mechanism and their impact to the CLS of Saccharomyces cerevisiae in different culture media and growth conditions was analyzed. We have addressed t three main objectives.
One of them is to determine the relevance of different components of the SAGA transcriptional complex to the CLS and to identify connections of SAGA with the TORC1/ Sch9p signaling pathway, with the retrograde response system and ...
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The stationary phase is a stage of non-division in which the cells survive through the use of stored energy reserves and by activation of survival mechanisms. This stationary phase spans most of the time in wine fermentation in which the cells are however metabolically active. The ability of cells to survive in a state of no division is called the Chronological Life Span (CLS). In thisthesis, the integration between the nutrient signaling pathways and the response against oxidative stress mechanism and their impact to the CLS of Saccharomyces cerevisiae in different culture media and growth conditions was analyzed. We have addressed t three main objectives.
One of them is to determine the relevance of different components of the SAGA transcriptional complex to the CLS and to identify connections of SAGA with the TORC1/ Sch9p signaling pathway, with the retrograde response system and with the mitochondrial activity . We can concluded that the integrity of the SAGA complex, and no the deubiquitinase activity, is necessary for the extension of the CLS independently of the growth conditions as well as for autophagy caused by nitrogen starvation conditions. It has demonstrated the connection between the SAGA complex acetyltransferase activity with the nutrient signaling pathway TORC1/ Sch9 as well as with the mitochondria through the retrograde response pathway.
We analyzed the connections between the nutrient signaling pathways and other mechanisms involved in the CLS by demonstrating that there is a genetic connection between cytoplasmic peroxirredoxin Tsa1p and the General Control of Amino Acids through the protein kinase Gcn2p that affects growth and survival in a stationary phase due a defect in respiration and an unregulatedglucose repression. In addition, we evaluated the role ofa defense system against oxidative stress, the cytosolic thioredoxin system in CLS and its connection with the nutrient signaling pathways and describing a possible new function of thioredoxin reductase, Trr1p, to the regulation of the TORC1 complex, possibly through the interaction with its GTPase, Gtr1p. The proteomic and metabolomic study of cytosolic thioredoxins allowed to detect different routes regulated by thioredoxines like the fatty acid biosynthesis, glycolysis and also the path of salvage of (NAD, which explain the need of the double mutant to activate compensatory mechanisms for the different types of oxidative stress. The study of the thiol redox proteome of the double mutant of cytosolic thioredoxins trx1 trx2 detected seven proteins with susceptible reversible oxidated cysteines, where only cysteine 146 of superoxide dismutase 1, Sod1p, is common to all the medium and growth phases. Differences in oxidation depend on the growth were observed. In exponential phase the cys146 in the double mutant was more oxidized than the wt and in stationary phase the cys 146 was more reduced than the wt. We measured the glutathione bind to protein (glutathionylation) and we saw that the Sod1p glutathionylation is dependent on the growth phase but is not dependent of the thioredoxin system. We analyzed the metabolome in the trx1/2 mutant and in the trr1 mutant to see the differences between strains. This analysis corroborated the significant differences among phenotypes observed throughout this thesis in both mutants. This results suggesting that may be another and difference electron donor to the cytosolic thioredoxinthan Trr1p, and that thioredoxin reductase has other roles not known yet.La fase estacionaria es una fase de no división en la cual las células sobreviven a través de la utilización de las reservas almacenadas y mediante la activación de mecanismos de supervivencia. Esta fase estacionaria es la mayor parte del tiempo del proceso fermentativo en el cual las células están metabólicamente activas. La capacidad que tienen las células de sobrevivir en estas condiciones de no división a lo largo del tiempo se denomina Longevidad Cronológica (LC).
En la presente tesis, se ha analizado de forma detallada la implicación de la ruta de señalización de nutrientes y de la respuesta al estrés oxidativo en la LC de Saccharomyces cerevisiae en diferentes medios de cultivo y condiciones de crecimiento. Se ha abordado el estudio a través de tres objetivos principales. Uno de ellos es determinar la relevancia de diferentes componentes del complejo SAGA en la LC e identificar conexiones de dicho complejo con la ruta de señalización de nutrientes en respuesta al nitrógeno, TOR/Sch9p, con la respuesta retrógrada y con la actividad mitocondrial. De este primer objetivo se puede concluir que la integridad del complejo SAGA, y no su módulo desubiquitinasa, es necesaria para la extensión de la LC independientemente de las condiciones de crecimiento así como para la autofagia en condiciones de ayuno de nitrógeno y la respiración. Se ha demostrado la conexión del complejo SAGA, a través de la actividad acetiltransferasa, con la ruta de señalización de nutrientes TOR/Sch9p así como con la mitocondria a través de la ruta de respuesta retrógrada.
Se analizó, objetivo dos y tres, las conexiones entre las rutas de señalización de nutrientes y otros mecanismos implicados en la LC observando y demostrando que hay una conexión entre la peroxirredoxina citoplasmática Tsa1p y el control general de aminoácidos a través de la proteín quinasa Gcn2p que afecta al crecimiento y a la supervivencia en fase estacionaria debido a un defecto en la respiración y en la correcta represión por glucosa. Además, se evaluó el papel del sistema de defensa citoplasmático frente al estrés oxidativo, sistema tiorredoxina, en la LC y su conexión con la ruta de señalización de nutrientes, describiendo una posible nueva función de la tiorredoxina reductasa Trr1p en la regulación de la disponibilidad de nutrientes de manera relacionada con la ruta TORC1 posiblemente a través de su GTPasa Gtr1p.
El estudio proteómico y metabolómico de las tiorredoxinas citosólicas permitió detectar diferentes rutas reguladas por las tiorredoxinas como son la biosíntesis de ácidos grasos, glicólisis y también la ruta de salvamento de la nicotinamida que explican la necesidad del doble mutante de un mecanismo de compensación para hacer frente a los diferentes tipos de estrés. El estudio del proteoma tiol redox del doble mutante de las tiorredoxinas citosólicas detectó siete proteínas con cisteínas susceptibles de oxidación reversible siendo la cisteína 146 de la Superóxido Dismutasa 1, Sod1p, común en todos los experimentos realizados observando diferencias en la oxidación en función del medio. Se demostró que el estado redox de la Sod1p es dependiente del sistema tiorredoxina pero no a través de la modificación postraduccional glutationilación.
Con el fin de comparar el comportamiento del mutante de las tiorredoxinas citosólicas con el mutante de la tiorredoxina reductasa se analizó el metaboloma de ambos mutantes corroborando las diferencias significativas entre los fenotipos observados a lo largo de toda la tesis, indicando que las tiorredoxinas citosólicas han de tener donadores de electrones alterantivos a la tiorredoxina y que la tiorredoxina reductasa ha de tener otras funciones hasta ahora, desconocidas.
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