This dataset contains two years of data about the sexual reproductive phenology of three charophyte species (Chara hispida, Chara aspera and Nitella hyalina) growing in different depth and salinity conditions in two Mediterranean brackish shallow ponds. The first sheet contains all metadata. From the second to the seventh sheets, raw data from each population are shown. From the eighth to the thirteenth sheets, grouped and transformed data from each population -ready to perform circular statistics- are shown. In the last sheet, environmental and phenological variables from one population are shown. More information about the acquisition, analyses and discussion of these data is available in the manuscript: Calero, S., Morellato, L.P.C. & Rodrigo, M.A. Persistence of submerged macrophytes in a drying world: unravelling the timing and the environmental drivers for the production of drought-resistant propagules. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems.Esta base de datos contiene dos años de datos sobre la fenología reproductiva de tres especies de carófitos (Chara hispida, Chara aspera y Nitella hyalina) que crecen en distintas condiciones de profundidad y salinidad en dos charcas mediterráneas (someras y de agua salobre). La primera hoja de cálculo contiene todos los metadatos. De la segunda a la séptima hoja, se muestran los datos en bruto de cada población. De la octava a la decimotercera hoja, se muestran los datos agrupados y transformados de cada población. En la última hoja, se muestran las variables ambientales y fenológicas correspondientes a una población. Puede encontrarse más información sobre la adquisición, el análisis y la discusión de estos datos en el manuscrito: Calero, S., Morellato, L.P.C. & Rodrigo, M.A. Persistence of submerged macrophytes in a drying world: unravelling the timing and the environmental drivers for the production of drought-resistant propagules. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems.