La enfermedad de Chagas, cuyo agente causal es Trypanosoma cruzi, constituye un grave problema de salud pública en toda Latinoamérica. La principal forma de transmisión es la vectorial, de la que son responsables hemípteros redúvidos de la subfamilia Triatominae adaptados a los hábitats doméstico y peridoméstico. Puesto que el parásito se mantiene en un ciclo zoonótico silvestre y es imposible de eliminar, la principal forma de lucha contra la transmisión vectorial consiste en la eliminación de las poblaciones domiciliadas del vector. Los estudios moleculares constituyen una herramienta de gran utilidad a la hora de planificar las campañas de control vectorial, puesto que permiten conocer y comprender la estructura poblacional y los procesos de dispersión y adaptación de estos insectos. Entre los principales países endémicos para esta parasitosis, se encuentra Perú, donde se han descrito 19 especies de triatominos, muchas de las cuales son reconocidos vectores de la enfermedad de Chagas. La presente Tesis Doctoral tiene como principal objetivo el haplotipaje molecular multigénico de las principales especies de vectores de Chagas en Perú de los géneros Triatoma y Panstrongylus. Se ha realizado además, un estudio de genética poblacional de la especie T. infestans y un estudio filogenético de especies del género Panstrongylus. T. infestans es el vector mejor adaptado al ambiente doméstico y el responsable de la mitad de los casos humanos de la enfermedad de Chagas en todo el mundo. Esta especie presenta una clara estructuración poblacional, de acuerdo a su variabilidad genética, que la separa en dos grupos ampliamente extendidos en Latinoamérica: el grupo Andino y el no-Andino. Los T. infestans analizados de Perú proceden de ambientes rurales e incluso urbanos y se integran dentro del grupo Andino. El haplotipaje molecular multigénico se ha hecho mediante marcadores del ADN ribosomal (ITS-1, 5.8S, ITS-2) y del ADN mitocondrial (16S, ND1, COI y Cyt b). Para ello, se han estudiado 129 ejemplares de T. infestans de los cuales: 113 son de Perú; 12 de Bolivia, 2 de Argentina y 2 de Chile. No se han encontrado diferencias genéticas ni en el estudio por altitudes geográficas desde los 432 a los 2.979 metros sobre el nivel del mar, ni en el estudio por departamentos de Perú. Destaca la uniformidad genética de T. infestans en Perú, no habiéndose detectado variabilidad de haplotipos en los marcadores utilizados con la excepción del marcador COI, el único que mostró variabilidad (3 haplotipos) y que podría estar relacionada con resistencias a los insecticidas. Se aporta por primera vez, la secuencia completa del gen Cyt b para esta especie. Los test de neutralidad muestran que T. infestans ha sufrido una fuerte reducción poblacional, debido a las campañas de control pero que actualmente está en expansión. En cuanto al estudio de especies del género Panstrongylus se han analizado los mismos marcadores que en T. infestans de un total de 168 especímenes: 51 de P. chinai; 14 de P. geniculatus y 103 de P. herreri. En el estudio del ADNr se han detectado grandes diferencias relacionadas con minisatélites que pueden ser consecuencias de retenciones de polimorfismos de un ancestro común. En el estudio del ADNmt se ha obtenido por primera vez, la secuencia completa del gen Cyt b en especies el género Panstrongylus. No se han observado diferencias genéticas entre poblaciones domésticas y peridomésticas, indicando que existe flujo genético entre ambos ecotopos. En el estudio filogenético de Panstrongylus los árboles obtenidos con marcadores ribosomales evidencian su utilidad en la separación de especies con elevado soporte estadístico. Los marcadores mitocondriales no alcanzan resolución a nivel específico pero sí, a nivel poblacional. Las matrices combinadas con secuencias obtenidas del GenBank muestran claras incongruencias que evidencian confusiones de clasificación taxonómica o bien, posibles hibridaciones.