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Caracterización epidemiológica, clínica, microbiológica y genómica de Mycobacterium tuberculosis en el Departamento de Salud La Fe de Valencia

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Caracterización epidemiológica, clínica, microbiológica y genómica de Mycobacterium tuberculosis en el Departamento de Salud La Fe de Valencia

dc.contributor.advisor	Comas Espadas, Iñaki
dc.contributor.advisor	Nogueira Coito, José Miguel
dc.contributor.author	Gil Brusola, Ana
dc.contributor.other	Departament de Microbiologia i Ecologia	es_ES
dc.date.accessioned	2018-02-13T14:01:54Z
dc.date.available	2018-02-14T05:45:05Z
dc.date.issued	2017	es_ES
dc.date.submitted	06-03-2018	es_ES
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/10550/64686
dc.description.abstract	BACKGROUND: Tuberculosis (TB) is a disease associated with significant morbidity and mortality throughout the world. In the Valencian Community (CV), as in the rest of Spain, the TB rate according to official data has decreased between 2011 and 2015, as well as the percentage of immigrant patients and of those coinfected with the human immunodeficiency virus (HIV), a decline that has not been reflected, however, in the official data of the Health Department (DS) La Fe. Immigration from high endemic TB countries, makes it necessary to review the epidemiology of patients attended at the Hospital Universitario y Politécnico (HUP) La Fe and the resistance pattern of the isolated strains, to verify the usefulness of the recently introduced molecular techniques, as well as that of the whole genome sequencing (WGS) of Mycobacterium tuberculosis, a tool that is being evaluated for early diagnosis of the disease and prediction of resistance to first line drugs. OBJECTIVE: To determine the epidemiological and clinical characteristics of patients with microbiologically confirmed TB at the HUP La Fe of Valencia, Spain, between January 2011 and December 2015, as well as the usefulness of WGS of MTBC isolates in the management of the patients. METHODS: Retrospective study of the characteristics of patients with TB confirmed by microbiology in HUP La Fe between 2011 and 2015 and comparative analysis with the results of lineage and resistance obtained after WGS of isolated strains during 2014 and 2015. MAIN RESULTS: Of the 194 confirmed cases, only 39.8% belonged to DS La Fe, so the calculated rates do not correspond to the official data. The mean incidence rate was 9.7 cases / 100,000 inhabitants, with associated mortality of 5%. The mean age of the patients was 39.6 years, with 5.7% of cases in childhood, 10% of co-infection with HIV and 51.3% of cases in immigrants. Most of the cases were concentrated in Torrefiel-Rascaña, in highly vulnerable Censal Sections. The predominant clinical presentation was pulmonary TB (62.9%), and the existence of HIV co-infection was associated with extrapulmonary forms. The mean growth time in liquid medium was 14.87 days versus 21.4 in solid medium. Phenotypic resistance to first line drugs accounted for 16% of cases - isoniazid (INH) resistance of 9.2% and rifampicin (RIF) of 3.6%. The predominant lineage was L4, with non-L4 lineages in foreign patients. The kappa concordance of phenotypic resistance to the resistance detected by WGS was for INH 0.95 (IC: 0.83-0.999) and for RIF 0.999, with the most frequent mutations being located in -15 fabG1-inhA and codon 315 of the katG gene for INH and codon 450 of the rpoB gene for RIF. CONCLUSIONS: Although the rate of TB is lower in DS La Fe than estimated for the rest of the CV and Spain, the percentage of immigrants affected is higher. The presence of underlying disease is not determinant for the development of TB; however, it is for the development of extrapulmonary TB, specifically in the case of HIV co-infection. Molecular biology techniques aid in the diagnosis, being more useful in pulmonary presentations and in the early detection of RIF resistance. WGS is a more precise tool, specifically for the early detection of INH resistance in our area, and for contact tracing.	en_US
dc.description.abstract	ANTECEDENTES: La tuberculosis (TB) es una enfermedad asociada a importante morbi-mortalidad en todo el mundo. En la Comunidad Valenciana (CV), al igual que en el resto de España, la tasa de TB según datos oficiales ha disminuido entre el año 2011 y 2015, así como el porcentaje de enfermos inmigrantes y coinfectados con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), descenso que no se ha visto reflejado, sin embargo, en los datos oficiales del Departamento de Salud (DS) La Fe. La inmigración desde países de alta endemia de TB hace necesario revisar la epidemiología de los pacientes atendidos en el Hospital Universitario y Politécnico (HUP) La Fe y el patrón de resistencias de las cepas aisladas, para comprobar la utilidad de las nuevas técnicas moleculares incorporadas, así como la de la secuenciación completa del genoma (SCG) de Mycobacterium tuberculosis, método que está siendo evaluado como herramienta para el diagnóstico precoz de la enfermedad y de predicción de resistencias. OBJETIVO: Conocer las características epidemiológicas y clínicas de los enfermos con TB confirmada por microbiología en el HUP La Fe de Valencia entre enero de 2011 y diciembre de 2015, así como la repercusión de la SCG de los aislados de MTBC en la gestión de los pacientes. METODOLOGÍA: Estudio descriptivo retrospectivo de las características de los pacientes con TB confirmada por microbiología en el HUP La Fe entre 2011 y 2015 y análisis comparativo con los resultados de linaje y resistencias obtenidos tras SCG de las cepas aisladas en 2014 y 2015. RESULTADOS PRINCIPALES: De los 194 casos confirmados en el HUP La Fe, sólo el 39,8% pertenecían al DS La Fe, por lo que las tasas calculadas no se corresponden con los datos oficiales. La tasa media fue de 9,7 casos/100.000 hab, con mortalidad asociada del 5%. La edad media de los enfermos fue 39,6 años, con un 5,7% de casos en edad infantil, un 10% de coinfectados con el VIH y un 51,3% de inmigrantes, no presentando este grupo diferencias importantes respecto al resto. La mayoría de los casos se concentraron en Torrefiel-Rascaña, en Secciones Censales de alta vulnerabilidad. La presentación clínica predominante fue la pulmonar (62,9%), y la existencia de coinfección con VIH se asoció a forma extrapulmonar. El tiempo de crecimiento medio en medio líquido fue 14,87 días frente a 21,4 en medio sólido. Hubo un 16% de resistencia fenotípica a los fármacos de primera línea, con resistencia a isoniacida (INH) del 9,2% y a rifampicina (RIF) del 3,6%. El linaje predominante fue el L4, con linajes distintos al L4 en pacientes extranjeros. La concordancia kappa de la resistencia detectada por SCG con la fenotípica fue para INH 0,95 (IC: 0,83-0,999) y para RIF 0,999, siendo las mutaciones más frecuentes las localizadas en -15 fabG1-inhA y codón 315 del gen katG para el primer fármaco y codón 450 del gen rpoB para el segundo. CONCLUSIONES: A pesar de que la tasa de TB es menor, el número de inmigrantes afectados es mayor al estimado en el resto de la CV y de España. La presencia de enfermedades de base no es determinante para el desarrollo de enfermedad tuberculosa, pero sí para el desarrollo de formas extrapulmonares, en concreto en el caso de coinfección con VIH. Las técnicas de biología molecular ayudan al diagnóstico, siendo más útiles en las formas pulmonares y en la detección precoz de resistencia a RIF. La SCG es una herramienta más precisa que las moleculares, en concreto para la detección precoz de resistencia a INH en nuestra área, y para el estudio epidemiológico de contactos.	es_ES
dc.format.extent	174 p.	es_ES
dc.language.iso	es	es_ES
dc.subject	Tuberculosis	es_ES
dc.subject	Secuenciación genómica	es_ES
dc.subject	Departamento La Fe Valencia	es_ES
dc.title	Caracterización epidemiológica, clínica, microbiológica y genómica de Mycobacterium tuberculosis en el Departamento de Salud La Fe de Valencia	es_ES
dc.type	doctoral thesis	es_ES
dc.subject.unesco	UNESCO::CIENCIAS MÉDICAS ::Ciencias clínicas::Microbiología clínica	es_ES
dc.embargo.terms	0 days	es_ES