Most of the varieties of sweet orange cultivated nowadays come from spontaneous mutations of a maternal variety. This phenomenon determines that the derived varieties are quasi-clones of the maternal variety, which leads to a difficulty for the traditional varietal identification based on morphological characters. One way to improve this kind of varietal identification is complementing it with a varietal identification based on the application of molecular markers. This work consists of the utilization of genomic tools developed by the public-private consortium Citruseq-Citrusgenn at the Genomics Center of IVIA (Valencian Institute of Agricultural Research) for obtaining molecular markers that allow the unambiguous identification of the varietal group of navel sweet oranges. To achieve this, firstly, a comparative exploration of the genomic sequences of different varieties was carried out for the detection in silico of structural genomic variations. Subsequently, molecular markers were validated using real-time PCR and Sanger sequencing.La mayor parte de variedades de naranja dulce que se cultivan en la actualidad proceden de mutaciones espontáneas de una variedad materna. Este fenómeno determina que las variedades derivadas sean en la práctica cuasi clones de la variedad materna, lo que desemboca en una dificultad para la identificación varietal tradicional mediante caracteres morfológicos. Una manera de mejorar la identificación varietal basada en caracteres morfológicos es complementarla con una identificación varietal basada en el uso de marcadores moleculares. Este trabajo consiste en la utilización de herramientas genómicas desarrolladas por el consorcio público-privado Citruseq-Citrusgenn en el Centro de Genómica del IVIA (Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias) para la obtención de marcadores moleculares que permitan la identificación inequívoca del grupo varietal de naranjas dulce tipo navel. Para ello, primeramente, se efectuó la exploración comparada de las secuencias genómicas de distintas variedades para la detección in silico de variaciones genómicas estructurales. Posteriormente se han validado marcadores moleculares mediante la utilización de PCR a tiempo real y secuenciación Sanger.