Paragonimiasis is a subacute to chronic inflammatory granulomatous lung disease caused by the genus Paragonimus. In Latin America P. mexicanus Miyazaki & Ishii 1968 is the only confirmed species to cause human infections. Paragonimus caliensis Little 1968 is an uncommon species often regarded as a synonym of P. mexicanus. Recently, the study of two types of Paragonimus metacercariae from Costa Rica has provided new molecular and morphological evidence that P. caliensis is a separate species from P. mexicanus. In the present study molecular, phylogenetic and morphological tools have been used to characterize four populations of Paragonimus in Colombia, located at Medellin and Valle de Pérdidas, departament of Antioquia, Pichinde, departament of Valle del Cauca (type locality of P. caliensis) and Leticia, departament of Amazonas. Molecular and phylogenetic analyses using nuclear ribosomal ITS2 confirmed that P. caliensis from the type locality is the same species from Medellin and Costa Rica, and the specimens from Leticia and Valle de Pérdidas corresponds to P. mexicanus. The main morphological differences between P. caliensis and P. mexicanus corresponded to the size of gonads and their relative positions in the body, and the presence of cyst wall in P. caliensis metacercariae. The taxonomy review suggest at least three morphotypes and four haplotypes in P. caliensis, and eleven morphotypes and six haplotypes in P. mexicanus. These also suggest genetic as well as geographical separation of both species in Latin America. Paragonimus mexicanus and P. caliensis are sympatric in the Colombian pacific bioregion, where five foci of human paragonimiasis were reported. In this study we present evidence of the presence of P. caliensis in the Valle de Pérdidas human focus. The similarity in the eggs size of P. mexicanus and P. caliensis does not allow a specific diagnosis, and therefore it is necessary to determine the biogeographic distribution ranges of both species and to implement molecular techniques to establish the role of P. caliensis in human paragonimiasis in Colombia.La paragonimiasis es una enfermedad pulmonar granulomatosa inflamatoria crónica causada por trematodos del género Paragonimus. En América Latina, P. mexicanus Miyazaki & Ishii 1968 es la única especie confirmada que causa infecciones humanas. Paragonimus caliensis Little 1968, es una especie poco común a menudo considerada sinónima junior de P. mexicanus. Recientemente, el estudio molecular y morfológico de dos tipos de metacercarias de Paragonimus en Costa Rica proporcionó la evidencia de que P. caliensis es una especie separada de P. mexicanus. En el presente estudio se utilizaron herramientas moleculares, filogenéticas y morfológicas para caracterizar cuatro poblaciones de Paragonimus en Colombia, ubicadas en Medellín y Valle de Pérdidas en el departamento de Antioquia, Pichinde en el departmento del Valle del Cauca (localidad tipo de P. caliensis) y Leticia en el departamento del Amazonas. Los análisis moleculares y filogenéticos realizados utilizando el marcador nuclear ribosomal ITS2 confirman la validez de P. caliensis. Así mismo, P. caliensis de la localidad tipo corresponde con las poblaciones de Medellín y Costa Rica. Los ejemplares de Leticia y Valle de Pérdidas corresponden a P. mexicanus. Los caracteres morfológicos que permiten diferenciar a P. caliensis de P. mexicanus son: el tamaño de las gónadas y sus posiciones relativas en el cuerpo, y la presencia de pared del quiste en las metacercarias de P. caliensis. Además, la revisión taxonómica de cada especie sugiere diferencias a nivel de subespecie: al menos tres morfotipos y cuatro haplotipos del ITS2 en P. caliensis, y once morfotipos y seis haplotipos del ITS2 en P. mexicanus están presentes en América Latina. Paragonimus mexicanus y P. caliensis son simpátricas en la biorregión del Pacífico colombiano, donde fueron reportados cinco focos de paragonimiasis humana. En el presente estudio se presenta evidencia de P. caliensis en el foco humano de Valle de Pérdidas. La semejanza en el tamaño de los huevos de P. mexicanus y P. caliensis no permite realizar un diagnóstico específico, por lo tanto, es necesario determinar la presencia de ambas especies en comunidades humanas e implementar un diagnóstico molecular para establecer el papel de P. caliensis en la paragonimiasis humana.