The study of phenology, i.e. the timing of recurrent biological events, is being used to track climate-change effects on organisms. Although submerged macrophytes play a key role in structuring shallow ecosystems, little information about their phenology is available. This thesis presents the first data (from 2014 to 2016) of a desirable long-term study. The main aims were: (i) to establish a methodological basis for the phenological study of submerged macrophytes, (ii) to describe the reproductive phenology of six species (Chara hispida, C. aspera, C. canescens, Nitella hyalina, Stuckenia pectinata and Utricularia australis) in two Mediterranean brackish ponds; and (iii) to unravel if their phenology might act as a tracker of climate change. A huge sampling effort and thorough observation, plant by plant, were performed to detect the presence and production intensity of gametangia/oospores and flowers/fruits. The size of gametangia from each charophyte species was conscientiously measured to design a quantitative cost-effective method to differentiate phenophases. Different physical and chemical features of water (temperature, light, water level, conductivity, pH, etc.) were also monitored where the plants grew. Several approaches and analysis methods were used to describe and compare the data. The thermal time model, using the growing degree-days parameter, was applied to understand the reproductive onsets, peaks and periods. Circular statistics, a developing, powerful tool in phenological studies, was applied to test the species-specific seasonality in reproduction. Aquatic angiosperms reproduced mainly vegetatively, while charophytes showed a high intensity of sexual reproduction and a long fertile period with a strong peak in spring-summer and occasionally a weak one in autumn, depending on the rainfall maximum. Each species of submerged macrophytes showed distinct phenological patterns, depending on its life-history strategies and the species-specific responses to interacting environmental factors. Even variations within a same ecosystem, e.g. related to water depth, affected the reproductive timing of individuals from the same population. Underwater temperature, water level and salinity were the factors altered by climate change that most affected the ripening of gametangia/oospores and the flowering/fruiting of submerged macrophytes. Charophytes, particularly, have shown themselves to be good candidates for tracking variations in climate change factors. Accurate forecasts on shallow ecosystems require more detailed knowledge of the responses of submerged macrophytes throughout their whole life cycles and across latitudes. Phenological variables can be applied to the conservation and management of declining populations and habitats. This thesis has laid the foundation for the establishment of a realistic design of a long-term data series and will hopefully inspire more long-term, inter-site and multi-latitude studies of macrophyte phenology.L’estudi de la fenologia, i.e. la temporització dels esdeveniments biològics recurrents, s’està usant per detectar els efectes del canvi climàtic sobre els organismes. Encara que els macròfits submergits exerceixen una funció clau en l’estructuració dels ecosistemes soms, hi ha poca informació sobre la seua fenologia. Aquesta tesi presenta les primeres dades (de 2014 a 2016) d’un esperable estudi a llarg termini. Els objectius principals son (i) establir la base metodològica per a l’estudi fenològic dels macròfits submergits, (ii) descriure la fenologia reproductiva de 6 espècies (Chara hispida, C. aspera, C. canescens, Nitella hyalina, Stuckenia pectinata i Utricularia australis) en dos llacunes salobroses mediterrànies i (iii) esbrinar si la seua fenologia podria actuar de traçador del canvi climàtic. Es realitzà un gran esforç de mostreig i una meticulosa observació, planta per planta, per detectar la presència i la intensitat de producció de gametangis/oòspores i flors/fruits. Es determinà la mida dels gametangis de cada espècie de caròfit per dissenyar un mètode quantitatiu i eficient per a diferenciar les fenofases. També es seguiren les característiques físiques i químiques de l’aigua on les plantes vivien. S’han usat diverses aproximacions i mètodes analítics per descriure i comparar les dades. S’aplicà el model del temps tèrmic (graus-dia), per comprendre els inicis, pics i períodes reproductius. S’aplicà l’estadística circular, una poderosa eina en desenvolupament en els estudis fenològics, per provar l’estacionalitat en la reproducció de cada espècie. Les angiospermes es reproduïren principalment de forma vegetativa, mentre que els caròfits mostraren una intensa reproducció sexual i períodes fèrtils llargs amb pics forts en primavera-estiu i, ocasionalment, un pic menut a la tardor que depenia de les pluges. Cada espècie de macròfit submergit va mostrar patrons fenològics distintius, en funció de les seues estratègies del cicle vital i de les respostes específiques d’espècie al factors ambientals interactuants. Inclús les variacions dins d’un mateix ecosistema, relacionades amb la fondària de l’aigua, afectaren la temporització reproductiva dels individus de la mateixa població. La temperatura del aigua, l’hidronivell i la salinitat van ser els factors que, podent ser alterats pel canvi climàtic, més afectaren la maduració dels gametangis/oòspores i la floració/fructificació dels macròfits submergits. Els caròfits han resultat ser especialment bons candidats per traçar les variacions dels factors del canvi climàtic. Predir amb precisió el futur dels ecosistemes soms requereix d’un coneixement més detallat de les respostes dels macròfits submergits al llarg dels seus cicles vitals complets i entre latituds. Les variables fenològiques poden aplicar-se a la conservació i gestió de poblacions i hàbitats en declivi. Aquesta tesi ha assentat les bases per a l’establiment d’un disseny realista per a l’obtenció de llargues sèries de dades, i esperem que inspire altres estudis sobre fenologia de macròfits que incloguen molts llocs, de diferents latituds, i que consideren llargs terminis.