La tuberculosis es la principal causa de muerte por un único agente infeccioso en el mundo. En el año 2017, la OMS estimó que 1.6 millones de personas murieron por la enfermedad, y 10 millones fueron infectadas. La enfermedad es causada por un grupo de bacterias que pertenecen al llamado complejo de Mycobacterium tuberculosis (MTBC). En la presente tesis se estudia la diversidad genética del MTBC, la evolución histórica del mismo, el uso de datos experimentales de cepas referencia para crear modelos computacionales y el efecto de la diversidad sobre los patrones de expresión génica del complejo. Para ello se usan datos de secuencias genómicas de miles de cepas y herramientas bioinformáticas. De los resultados obtenidos en la presente tesis se concluyen varias cosas. La primera, que no existe recombinación detectable entre miembros del MTBC. Además, se identifica un gen, phoR, como un actor fundamental en la evolución del complejo y en su relación con el hospedador. Segundo, las redes biológicas de la bacteria no están conservadas en los distintos miembros del complejo. Esto hace que modelos computacionales calculados a partir de estas redes y con datos de una única cepa de referencia no sean extrapolables a todo el MTBC. Por último, los diferentes linajes que componen el grupo tienen perfiles transcriptómicos diferentes. Estos perfiles de expresión se ven fuertemente influidos por mutaciones puntuales que generan nuevas cajas Pribnow. Por el contrario, el efecto de la metilación de las regiones reguladoras sobre la expresión génica en este grupo de bacteria es muy sutil.Tuberculosis is the main cause of death by a single infectious agent worldwide.In 2017, the WHO stated that 1.6 million people died due to the disease, and that 10 million people got infected. The disease is caused by a group of bacteria that belong to the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC). In this thesis, we have studied the genetic diversity of the MTBC, its evolution, the use of experimental data from derived from reference strains to construct computational models and the effect of the genetic diversity over the gene expression patterns of the complex. We have used data from whole-genome sequencing and bioinformatic tools. The results obtained in the thesis allowed us to derived the following conclusions:(i) there is no detectable recombination events between current MTBC members; (ii) the phoR gene is a key player in the evolution of the complex and in the host-pathogen interaction; (iii) the MTBC biological networks are not conserved, so the predictions derived from networks based on a single reference strain are not generalizable to other members of the complex; (iv) distinct MTBC members had different transcriptomic profiles; (v) these profiles are highly impacted by mutations that create new transcriptional start sites; (vi) the regulatory effect of the DNA methylation in in-vivo conditions is subtle and lineage-independent.