Biological soil crusts (biocrusts, BSCs) are made up of a combination of organisms, both photoautotrophic and heterotrophic, which live inside or on the surface of soils. By means of their interactions and activities, they generate a joint layer along with the particles of the substrate. Lichens, due to the complexity of their symbiosis, are able to colonize these adverse for-otherplant habitats, thanks to their ecophysiological adaptations. Biocrusts dominated by lichens are highly abundant in the clearings of scrublands and grasslands that develop in gypsiferous outcrops. Their diversity, participation in biogeochemical cycles and potential to form large coverages (sometimes > 80%) on soils are important for the management and conservation of these fragile and threatened ecosystems. In the Mediterranean basin, there are large regions covered by different types of gypsum that emerged during the Messiniense crisis (5.96-5.33 Mya). These areas are colonized by communities of terricolous lichens, which are mainly characterized by the abundance of crustose species, such as Diploschistes diacapsis, Acarospora placodiiformis, A. nodulosa, Buellia zoharyi, Diplotomma rivas-martinezii and Rhizocarpon malenconianum, which co-occur with squamulose taxa such as Psora decipiens, P. saviczii, Clavascidium spp. and Placidium spp., among others. In those places which, due to their microenvironmental characteristics, conserve a greater degree of humidity in the soil, foliose and dimorphic lichens of the genus Cladonia are common. In this study, the relationships between each type of mycobiont and the symbiotic microalgae of the lichens of these communities have been analysed. For this purpose, molecular analyses of the mycobionts were carried out in order to discover their diversity, build phylogenies, haplotype networks and possible biogeographic reconstructions. In the case of phycobionts, nuclear (nrITS and actin) and chloroplast (LSU rADN) genetic markers were studied. In addition, the ultrastructural characterization of the cells was performed by transmission microscopy, and an in vitro isolation and propagation protocol was designed.Three different genera of microalgae have been detected in these communities: Trebouxia in Diploschistes diacapsis, Acarospora placodiiformis, A. nodulosa, Diplotomma rivas-martinezii and Rhizocarpon malenconianum, Asterochloris in Cladonia spp., and Myrmecia in squamulose lichens. The coexistence of different microalgae in the same thallus, and “algal switching” processes, have been found, generally, in lichens in which microalgae of the genus Trebouxia were predominant. The main objective of this doctoral thesis has been to analyze the association patterns between microalgae and fungi in these lichen communities and the study has been addressed from different methodological approaches. The genetic variability of the different symbiotic components may be a key data to better understand the relationships established between them. This nucleotide variability of mycobionts seems to be related to their dependence on the characteristics of the substrate, since exclusive gypsophyte species have less genetic variability compared to those with greater tolerance for other soils. The low variability of gypsophyte species could be a consequence of the geological/climatic events that occurred in the Mediterranean basin in the past. Other factors that could also explain the patterns of association between the different symbionts of the biocrusts are lichen biotypes, kind of substrates and even reproductive structures and dispersal strategies. However, in the latter case, the complexity found in these strategies does not allow a clear association pattern (selectivity and specificity) to be established.Las costras biológicas de los suelos (biocostras, CBS) están constituidas por una combinación de organismos, tanto fotoautótrofos como heterótrofos, que viven dentro o sobre la superficie de los suelos, los cuales, con sus interacciones y actividades, generan una capa conjunta con las partículas del sustrato. Los líquenes, debido a la complejidad de sus simbiosis son capaces de colonizar estos hábitats adversos para otros vegetales, gracias a sus adaptaciones ecofisiológicas. Las biocostras dominadas por líquenes son muy abundantes en los claros de los matorrales y pastizales que se desarrollan en los territorios yesíferos. Su diversidad, participación en los ciclos biogeoquímicos y potencial para formar grandes coberturas (a veces> 80%) sobre los suelos, es importante para la gestión y conservación de estos entornos tan frágiles y amenazados. En la cuenca mediterránea hay amplias regiones cubiertas por distintos tipos de yesos que surgieron durante la crisis del Messiniense (5,96-5,33 m.a.). Estas áreas están colonizadas por comunidades de líquenes terrícolas, que se caracterizan principalmente por la abundancia de especies crustáceas, tales como Diploschistes diacapsis, Acarospora placodiiformis, A. nodulosa, Buellia zoharyi, Diplotomma rivas-martinezii y Rhizocarpon malenconianum, que conviven con líquenes escuamulosos de los taxones Psora decipiens, P. saviczii, Clavascidium spp. y Placidium spp., entre otros. Por otra parte, en aquellos enclaves que por sus características microambientales conservan un mayor grado de humedad en el suelo, son frecuentes los líquenes foliáceos y dimórficos del género Cladonia. En este estudio, se han analizado las relaciones entre cada tipo de micobionte y las microalgas simbióticas de los líquenes de estas comunidades. Para ello, se realizaron análisis moleculares de los micobiontes con objeto de conocer su diversidad, construir filogenias, redes de haplotipos y tratar de elaborar posibles reconstrucciones biogeográficas. En el caso de los ficobiontes, se estudiaron marcadores genéticos nucleares (nrITS y actina) y cloroplásticos (LSU rADN). Además, se realizó la caracterización ultraestructural de las células mediante microscopía de transmisión y se diseñó un protocolo de aislamiento y propagación in vitro.En estas comunidades se han detectado tres géneros diferentes de microalgas: Trebouxia en Diploschistes diacapsis, Acarospora placodiiformis, A. nodulosa, Diplotomma rivas-martinezii y Rhizocarpon malenconianum, Asterochloris en Cladonia spp. y Myrmecia en los líquenes escuamulosos. La coexistencia de distintas microalgas en un mismo talo y el algal switching se ha hallado, por lo general, en líquenes en los que las microalgas del género Trebouxia eran predominantes. El objetivo principal de esta tesis ha sido analizar los patrones de asociación entre microalgas y hongos en estas comunidades liquénicas y el estudio se ha abordado desde distintas aproximaciones metodológicas. La variabilidad genética de los distintos componentes simbióticos puede ser un dato clave para poder entender mejor las relaciones que se establecen entre ellos. Esta variabilidad nucleotídica de los micobiontes parece estar relacionada con su dependencia por las características del sustrato, ya que las especies gipsófitas exclusivas presentan una menor variabilidad genética en comparación a las que tienen mayor tolerancia por otros suelos. La baja variabilidad de las especies gipsófitas podría ser consecuencia de los eventos geológicos/climáticos acontecidos en la cuenca mediterránea en el pasado. Otros factores que también podrían explicar los patrones de asociación entre los distintos simbiontes de la biocostras son los biotipos liquénicos, los tipos de sustratos e incluso las estructuras reproductoras y formas de dispersión. Aunque, en este último caso, la complejidad encontrada en dichas estructuras no permite establecer un claro patrón de asociación (selectividad y especificidad).