This database contains the values of several topological indices calculated from the functional nodes of the planktonic-benthic aquatic communities from a mesocosm-scale experiment. Using an experimental design consisting of three environmental scenarios with four replicates each (with temperature and ultraviolet radiation as experimental factors), the organisms present in each replicate (mesocosm) were grouped into functional nodes. With these nodes, ecological trophic networks (only considering trophic relationships between them) and multi-interaction networks (considering trophic and non-trophic relations) were constructed. Different indices (topological importance index, topological overlap index, closeness centrality, and betweenness centrality) were calculated for each of the nodes in each version of the ecological network, showing their topological importance in the network. The abbreviations and explanations about the experimental scenarios, the replicates of each scenario, and the details regarding the indices and the nodes of the networks are detailed in the first sheet of this database.Esta base de datos contiene los valores de diversos índices topológicos calculados a partir de los nodos funcionales de las comunidades acuáticas plánctónicas-bentónicas de un experimento a escala de mesocosmos. Mediante un diseño experimental que constaba de tres escenarios ambientales con cuatro réplicas cada uno (con la temperatura y la radiación ultravioleta como factores experimentales), se agruparon los organismos presentes en cada réplica (mesocosmos) en nodos funcionales. Con estos nodos se construyeron redes ecológicas tróficas (solo considerando relaciones tróficas entre ellos) y redes multi-interacción (considerando relaciones tróficas y no-tróficas). A cada uno de los nodos en cada versión de la red ecológica se le calcularon diversos índices (topological importance index, toplogical overlap index, closeness centrality y betweenness centrality) que muestran su importancia topológica en la red. Las abreviaciones y explicaciones sobre los escenarios experimentales, las replicas de cada escenario y los detalles sobre los índices y los nodos de las redes están detallados en la primera hoja de esta base de datos.