Bothrops asper es un complejo de especies de importancia clínica en Latinoamérica causante de aproximadamente entre el 50 a 80% de los envenenamientos ofídicos de tipo botrópico. La abundancia de individuos, los hábitats crípticos que frecuenta este grupo y su amplia distribución desde el Sur de México hasta el norte de Perú, explican la alta incidencia de accidentes ocasionados por estas serpientes. La integración de datos moleculares, morfológicos y geográficos sugieren una estructura filogeográfica compleja de la especie en Centro y norte de Suramérica, con la existencia de diferentes linajes, algunos con procesos de divergencia reciente, especialmente en los valles interandinos al suroccidente de Colombia y Ecuador. La comparación de los venenos también puede contribuir al entendimiento de la historia evolutiva de B. asper; por lo tanto, analizamos los proteomas de 12 grupos de ejemplares adultos procedentes de cinco linajes de B. asper del suroccidente colombiano y Ecuador. Los resultados reflejan variación intraespecífica entre los grupos, específicamente en cuatro de los componentes mayoritarios: metaloproteinasas, serina proteasas, fosfolipasas A2 y proteínas similares a lectinas tipo C. Análisis de componentes principales construidos a partir de la abundancia de proteínas y péptidos presentes en los venenos, así como la comparación de masas moleculares de PLA2 recuperadas de los venenos de Mesoamérica y Suramérica, son congruentes con los análisis filogeográficos y filogenéticos previos, y argumentan a favor de las hipótesis que interpretan la diversificación del grupo. La cordillera de los Andes, los gradientes altitudinales en hábitats de montaña, las diferencias ecosistémicas y los nichos ecológicos en los valles interandinos han sido factores determinantes en los procesos de divergencia no solo de serpientes, sino también de otros grupos taxonómicos en Colombia y Ecuador. Adicionalmente, se observó variación ontogénica entre juveniles y adultos de algunos linajes de B. asper del Ecuador, siendo la abundancia relativa de PLA2 de tipo K49 una de las características distintivas entre los grupos. La variabilidad composicional entre los proteomas del veneno de los linajes de B. asper distribuidos en el suroccidente colombiano, ha reflejado diferencias a nivel de los cuadros clínicos presentados por las víctimas de envenenamiento. A la fecha, estos casos son tratados con antivenenos disponibles en el país, principalmente de producción nacional; no obstante, los antivenenos botrópicos generados en varios países de América Latina suelen mostrar cierto grado de eficacia paraespecífica en la neutralización de venenos congenéricos. Con base en lo anterior, y teniendo en cuenta que Colombia ha atravesado por periodos de escases de este medicamento esencial, la inmunoreactividad y capacidad neutralizante de sueros producidos en Colombia, y otros países de Latinoamérica contra los venenos de tres linajes de B. asper del suroccidente colombiano fueron comparadas. Los resultados demostraron que los antivenenos homólogos producidos en Colombia y Costa Rica son efectivos en la neutralización in vivo de la mayoría de las actividades biológicas producidas por estos venenos, y que los antivenenos heterólogos producidos en Argentina, Venezuela y Perú fueron capaces de reconocer in vitro la mayoría de los componentes tóxicos de los venenos, por lo que tendrían un gran potencial para el tratamiento clínico del ofidismo botrópico en esta región del país.