El Sistema de Evaluación de la calidad en la Educación Superior y la Ciencia ha adquirido en las últimas cuatro décadas un peso importante en la gestión y organización de la política científica en España. Este sistema se ha erigido en la institución universitaria como una nueva herramienta para justificar la distribución de los fondos que se invierten en ella, ha permitido objetivar el desempeño científico y académico, tanto de individuos como de organizaciones, y ha establecido unos nuevos requisitos para acceder y para mantenerse en el sistema. En este contexto, tan presente en el debate sobre la organización y gestión de la institución a nivel formal e informal, surge el interés por explorar en profundidad cómo se perciben desde dentro los procesos de evaluación y sus implicaciones en el desarrollo de la producción científica. Esta tesis doctoral tiene como objetivo explorar el impacto de la institucionalización del Sistema de Evaluación sobre las prácticas investigadoras y, específicamente, sobre la creación de conocimiento científico. Para ello, se trata de explorar y profundizar en los modos de trabajo y prácticas epistémicas de tres disciplinas (Historia, Química y Economía de la Empresa) para poder discernir si la evaluación está afectando de manera distinta a sus prácticas de producción de conocimiento científico. Para estudiar este fenómeno se ha utilizado el marco teórico de Richard Whitley (2000, 20007) que sienta las bases para analizar los sistemas de evaluación y las consecuencias de su implementación en contextos determinados. A nivel metodológico, se han realizado 77 entrevistas en profundidad en 6 departamentos universitarios españoles en las tres áreas de conocimiento mencionadas. Asimismo, se han utilizado dos técnicas del Social Network Analysis como métodos complementarios de recogida y análisis de la información. El estudio de los sistemas de evaluación y sus posibles efectos se ha llevado a cabo empleando dos unidades de análisis: una colectiva, los departamentos universitarios; y otra individual, los miembros de estos departamentos. En este sentido, a nivel departamental los resultados sugieren que la institucionalización de la evaluación ha afectado a los departamentos universitarios que, en mayor o menor medida, han adaptado sus formas de organización y estrategias con el fin de conseguir la máxima calidad en la realización de las actividades de investigación a nivel colectivo e individual. Sin embargo, no parece estar conllevando una estandarización organizativa. Los departamentos desarrollan estrategias organizativas distintas, especialmente en la gestión de los recursos humanos y en la gestión y distribución de recursos económicos. A nivel individual, el análisis de los datos sugiere que los académicos están orientando su carrera concentrándose en la consecución de los objetivos de evaluación debido a la presión que éste mismo les genera. Los resultados apuntan a un incremento de la presión por la publicación científica y la reducción del tiempo disponible y del proceso de reflexión. En esta línea, los resultados apuntan a una reducción del pluralismo y de la diversidad intelectual. En el caso de Historia, esta reducción del pluralismo se materializa también en un cambio moderado de la investigación centrada en temas de carácter más local, hacia temas más transnacionales. El riesgo en la selección de los temas y de las distintas metodologías es una cuestión que el personal académico ha manifestado tener en cuenta a la hora de investigar, especialmente en Química y Empresa. Por otra parte, los resultados de nuestro estudio no muestran una suficiente evidencia para afirmar que se está cambiando la forma en que se organiza la producción del conocimiento. Los resultados apuntan hacia cierta tendencia hacia el individualismo, pero no se corresponde con un discurso mayoritario y depende de determinadas disciplinas y momentos de la carrera académica. Finalmente, la tesis doctoral señala el efecto positivo que los ejercicios de evaluación han supuesto para el desarrollo de la investigación científica del país. La evaluación ha contribuido al incremento de la productividad (medida en términos de publicación) en los departamentos y a una mayor concienciación sobre la necesidad de realizar una investigación de calidad.The Research Evaluation System has acquired over the last four decades an important weight in the management and organisation of science policy in Spain. This system has become a new tool for university institutions to justify the distribution of the funds invested in them, has made it possible to objectify the scientific and academic performance of both individuals and organizations, and has established new requirements for accessing and promoting inside the system. In this context, so present in the debate on the organisation and management of the institution at a formal and informal level, there is interest in exploring in depth how the evaluation processes are perceived from within and their implications for the development of scientific production. This doctoral thesis aims to explore the impact of the institutionalisation of the Research Evaluation System on research practices and, specifically, on the creation of scientific knowledge. To this end, it seeks to explore and deepen the working methods and epistemic practices of three disciplines (History, Chemistry and Business) in order to discern whether evaluation is affecting their scientific knowledge production practices differently. In order to study this phenomenon, Richard Whitley's (2000, 20007) theoretical framework has been used, which provides the basis for analysing assessment systems and the consequences of their implementation in specific contexts. On a methodological level, 77 in-depth interviews have been carried out in 6 Spanish university departments in the three areas of knowledge mentioned. Likewise, two Social Network Analysis techniques were used as complementary methods for collecting and analysing the information. The study of the evaluation systems and their possible effects has been carried out using two units of analysis: one collective, the university departments; and the other individual, the members of these departments. In this sense, at a departmental level, the results suggest that the institutionalisation of evaluation has affected university departments which, to a greater or lesser extent, have adapted their forms of organisation and strategies in order to achieve the highest quality in carrying out research activities at a collective and individual level. However, it does not seem to be leading to organisational standardisation. The departments develop different organisational strategies, especially in human resources management and in the management and distribution of economic resources. At the individual level, the analysis of the data suggests that academics are orienting their careers by focusing on the achievement of assessment objectives because of the pressure that assessment puts on them. The results point to an increase in pressure for scientific publication and a reduction in the time available and the process of reflection. In this line, the results point to a reduction in pluralism and intellectual diversity. In the case of History, this reduction in pluralism is also reflected in a moderate shift from research focused on more local issues to more transnational ones. The risk in the selection of topics and different methodologies is an issue that academic staff have claimed to take into account when doing research, especially in Chemistry and Business. On the other hand, the results of our study do not show sufficient evidence to affirm that the way in which the production of knowledge is organised is changing. The results point to a certain tendency towards individualism, but this does not correspond to a majority discourse and depends on certain disciplines and moments in the academic career. Finally, the doctoral thesis points out the positive effect that the evaluation exercises have had on the development of scientific research in the country. Evaluation has contributed to the increase in productivity (measured in terms of scientific publications) in the departments and to a greater awareness of the need to carry out quality research.