Introduction: Epigenetic markers have been linked to chronic inflammatory processes such as periodontitis. Due to their characteristics miRNAs are postulated as good biomarkers in gingival crevicular fluid (FCG). The objective of this research was to sequence all the miRNAs present in the FCG of subjects with advanced periodontitis and healthy subjects in order to analyze whether these miRNAs could define periodontitis. Methodology: 23 subjects (11 with advanced chronic periodontitis and 12 healthy controls) were selected and FCG samples were taken. A next generation sequencing and bioinformatic analysis of differential expression of miRNAs in FCG was performed. Finally, the miRNAs were validated in other samples from the same study subjects. Results: The bioinformatic study and the selection based on the involvement of miRNAs in biological pathways compatible with periodontal pathogenesis highlighted four miRNAs in FCG as good candidates to define advanced chronic periodontitis: hsa-miR 30a-5p, hsa-miR199b-3p, hsa-miR 338-5p and hsa-miR146a-5p. The validation study only showed significant results for the expression of miR-199b and miR-146a in other samples. MiR-199b turned out to be the most powerful biomarker to define periodontitis. Conclusions: taking into account the limitations of the study, miRNAs 146a and 199b were shown to be adequate markers to define periodontitis in FCG samples from patients with advanced chronic periodontitis. More studies are required to continue advancing epigenetics research in the field of periodontics.Introducción: Los marcadores epigenéticos se han relacionado con procesos inflamatorios crónicos como la periodontitis. Los miARns por sus características se postulan como buenos biomarcadores en fluido crevicular gingival (FCG). El Objetivo de esta investigación fue secuenciar todos los miARNs presentes en el FCG de sujetos con periodontitis avanzada y sujetos sanos con el fin de analizar si estos miARNs era capaces de definir la periodontitis. Metodología: se seleccionaron 23 sujetos (11 con periodontitis crónica avanzada y 12 controles sanos) y se tomaron muestras de FCG. Se realizó una secuenciación masiva y análisis bioinformático de expresión diferencial de miARNs en FCG. Finalmente, los miARNs candidatos a definir la periodontitis se validaron en otras muestras de los mismos sujetos de estudio. Resultados: El estudio bioinformático (potencia de expresión) y la selección en función de la implicación de miARNs en rutas biológicas compatibles con la patogénesis periodontal destacó cuatro miARNs en FCG como buenos candidatos para definir la periodontitis crónica avanzada: hsa-miR 30a-5p,hsa-miR199b-3p, hsa-miR 338-5p y hsa-miR146a-5p. El estudio de validación solo mostró resultados significativos para la expresión de miR-199b y miR-146a en otras muestras. El miR-199b resultó ser el biomarcador más potente para definir la periodontitis. Conclusiones: teniendo en cuenta las limitaciones del estudio, los miARNs 146a y 199b se mostraron como unos adecuados marcadores para definir la periodontitis en las muestras de FCG de pacientes con periodontitis crónica avanzada. Se requieren más estudios para seguir avanzando en la investigación en epigenética en el campo de la periodoncia.