Uno de los retos clínicos más relevantes en los pacientes sometidos a trasplante alogénico de precursores hematopoyéticos (alo-TPH) es reducir el riesgo de enfermedad de injerto contra huésped (EICH). Otro de estos, es evitar la infección por Citomegalovirus (CMV) debido a su elevada morbilidad y mortalidad. En este contexto, se ha postulado una posible relación recíproca entre el riesgo de EICH y la infección por CMV, aunque existen datos contradictorios en la literatura a este respecto, especialmente al relacionar la presencia de CMV en heces, como predictor de EICH de tipo intestinal. Adicionalmente, el Torque Teno Virus (TTV) se encuentra actualmente bajo estudio debido a su íntima relación con el sistema inmune y, por consiguiente, con el EICH en pacientes sometidos a alo-TPH. Por estos motivos, en la presente tesis doctoral se plantea la monitorización del ADN de CMV y TTV en los compartimentos sistémico e intestinal, con el fin de establecer asociaciones que predigan la aparición del EICH, principalmente de tipo intestinal. Para su consecución se han llevado a cabo un total de 4 publicaciones, como queda reflejado en el anexo de la tesis. En general, se han analizado mediante técnicas de detección molecular, centenares de muestras de heces y de plasma, tanto de forma prospectiva como retrospectiva, según cada estudio. Finalmente, ni la monitorización del ADN de CMV en heces, ni la detección de otros patógenos intestinales posteriormente añadidos, mostraron ningún valor predictivo para el desarrollo de EICH intestinal, aunque sí se halló dicha relación al analizar el ADN de CMV en el compartimento sistémico. Por último, el perfil cinético de la carga viral de TTV en heces fue útil para identificar a los pacientes con mayor riesgo de EICH intestinal.