The present thesis aims to investigate the mechanisms of epidemic control in two port cities of the American continent between the 18th and early 19th centuries, Rio de Janeiro and Havana. Comparing the documentation prepared by agents of the Spanish and Portuguese Empires or by doctors who worked in Cuba and in Brazil, one can observe an uncontrolled scenario of potentially epidemic diseases such as smallpox or yellow fever, and the existence of actions aimed at "preventing" diseases in the ports of both cities. Such measures, however, did not always guarantee protection conditions to the subjects that lived in these locations since they were directed to a part of the population, mostly enslaved Africans who had recently arrived on the continent, while other groups circulated freely or were not subjected to quarantines. The movement of men linked to military activity also proved to be determinant for the development of epidemics in the investigated period, such as the one that occurred in Havana, in 1762, during the conflict between the English and Spanish for the possession of the island. Finally, the actions to combat smallpox, in a moment before the discovery of the vaccine and in the first years of application of the preventive, showed that slaves were among the most vaccinated subjects in Cuba, besides having made possible the first vaccination strategies in Brazil.La presente tesis pretende investigar los mecanismos de control de epidemias en dos ciudades portuarias del continente americano entre el siglo XVIII y principios del XIX, Río de Janeiro y La Habana. Comparando la documentación elaborada por los agentes del Imperio español y portugués o por los médicos que trabajaron en Cuba y en Brasil, observamos un escenario de enfermedades epidémicas incontroladas, como la viruela o la fiebre amarilla, y la existencia de acciones destinadas a "prevenir" las enfermedades en los puertos de ambas ciudades. Tales medidas, sin embargo, no siempre garantizaban las condiciones de protección a los sujetos que vivían en estos sitios, ya que estaban dirigidas a una parte de la población, en su mayoría africanos esclavizados recién llegados al continente, mientras que otros grupos circulaban libremente o no estaban sometidos a cuarentenas. El movimiento de hombres ligados a la actividad militar fue también un factor determinante en el desarrollo de epidemias durante el periodo estudiado, como la ocurrida en La Habana en 1762 durante el conflicto entre británicos y españoles por la posesión de la isla. Finalmente, las acciones de combate a la viruela, antes del descubrimiento de la vacuna y en los primeros años de aplicación del preventivo, mostraron que los esclavos estaban entre los sujetos más vacunados en Cuba, además de haber posibilitado las primeras estrategias de vacunación en Brasil.