La resistencia antimicrobiana (RAM) es una importante amenaza para la salud pública a nivel mundial. El mal uso de los antibióticos ha llevado al surgimiento y propagación de infecciones resistentes a los antibióticos. Entre los patógenos que más muertes causan asociadas a la RAM bacteriana se encuentra Klebsiella pneumoniae, uno de los patógenos más preocupantes. DE hecho, en 2019, K. pneumoniae se clasificó como la segunda causa de muertes atribuible a la RAM. Entre las resistencias adquiridas en K. pneumoniae, las que mayor preocupación causan son las cepas que han desarrollado resistencia a cefalosporinas de tercera generación (3GC) y carbapenems (CRKp). En esta tesis se ha investigado la epidemiología de K. pneumoniae resistente a 3GC y carbapenems utilizando la información genómica recopilada en el proyecto Vigilancia de Klebsiella pneumoniae en la Comunitat Valenciana (SKPCV). Bajo el proyecto SKPCV, se recolectaron casi 2200 aislados de K. pneumoniae productores de ESBL y/o carbapenems durante 3 años (2017 - 2019) y posteriormente se secuenció el genoma completo utilizando tecnologías de segunda generación (Illumina) y tercera generación (Pacific Biosciences y Oxford Nanopore). Para proporcionar contexto y establecer una colección que nos permitiera dilucidar las relaciones entre los aislados de K. pneumoniae del SKPCV con los de hospitales españoles y a nivel mundial, incluimos aislados recogidos previamente en algunos hospitales del NLSAR, así como datos externos de tres bases de datos diferentes: RefSeq, GenBank y ENA. Utilizando estos datos, recogimos más de 13,000 genomas. Trabajar con conjuntos de datos grandes y garantizar la calidad de los datos puede ser un desafío, por lo tanto, creamos un filtro de control de calidad con pasos jerarquizados que evaluaron la asignación taxonómica y la contaminación interespecífica, la calidad del ensamblado, la contaminación intraespecífica y, finalmente, la similitud genómica de toda la colección. Utilizando este filtro de calidad, obtuvimos una gran colección con 1,604 genomas del SKPCV, 395 aislados retrospectivos recogidos en tres hospitales del NLSAR y más de 10,000 genomas globales disponibles en las bases de datos públicas. Finalmente, encontramos que las composiciones de linajes del SKPCV y NLSAR eran muy diversas, pero también similares a las de los genomas españoles depositados en las bases de datos. De hecho, la mayoría de los aislados de NLSAR estaban relacionados con aislados recogidos en otras regiones de España, lo que sugiere historias evolutivas similares. Nuestro análisis reveló que solo un linaje, ST307, fue responsable de la mayoría de las infecciones resistentes a 3GC y carbapenems, así como de las transmisiones interhospitalarias. También descubrimos que los determinantes de la resistencia a 3GC y carbapenems, junto con los linajes portadores correspondientes, se distribuían de manera distinta en los hospitales y que, excepto por ST307 que portaba blaCTX-M-15, la mayoría de los linajes y combinaciones de determinantes de AMR se limitaban mayormente a un solo hospital. De hecho, las poblaciones hospitalarias eran diferentes entre sí. Nuestros hallazgos sugieren que la carga de la RAM y K. pneumoniae en esta región fue el resultado de una diversidad de factores, que incluyen linajes únicos que probablemente se originaron en la comunidad o en la microbiota previa de los pacientes, así como una compleja interacción entre la transmisión de linajes entre hospitales y la proliferación local de clones problemáticos dentro de cada hospital. Nuestros hallazgos muestran que la aparición inicial de resistencia a carbapenems y la diseminación del grupo hospitalario universitario (HGUV) ocurrieron durante un corto período de un año y fue muy compleja. Encontramos seis linajes diferentes que comprendían la mayoría de la población de CRKp en el HGUV, diseminando diferentes mecanismos de resistencia (AmpC, OXA-48, NDM-1 y NDM-23) en diferentes variantes de plásmidos. Estos linajes experimentaron una expansión clonal local, con varios casos de posible transmisión directa dentro del hospital. Finalmente, utilizamos la epidemiología genómica para describir la aparición y diseminación en varios hospitales de un nuevo gen de resistencia a carbapenems, denominado blaNDM-23. Pudimos dilucidar el efecto fenotípico y el entorno genético del gen. El gen estaba contenido en un plásmido resistente a múltiples fármacos con 18 genes adicionales de resistencia a antibióticos, lo que produjo un fenotipo de resistencia a múltiples fármacos. El gen y el plásmido se encontraron en una cepa ST437. Descubrimos que el plásmido no era movilizable, por lo que la diseminación del blaNDM-23 se produjo a través de una expansión clonal. La diseminación de este linaje ST437 portador del blaNDM-23 afectó al menos a cuatro hospitales diferentes de la Comunitat Valenciana desde 2016 hasta al menos 2019, cuando concluyó nuestro muestreo.