Introducción: La enfermedad celíaca (EC) y la Enfermedad Inflamatoria Intestinal Crónica (EIIC, que incluye CU –colitis ulcerosa- y ECr –Enfermedad de Crohn-) son enfermedades cuya incidencia y prevalencia va en aumento, y en las que se consideraba que tener una de ellas aumentaba la predisposición a la otra. El HLA-DQ 2 y DQ8, de riesgo de EC (HLA-EC), tiene un alto valor predictivo negativo, estando presente en el 95-99% de los celíacos. Nuestra hipótesis era que el HLA-EC no es más frecuente en la EIIC. Material y método: Se incluyeron prospectivamente pacientes adultos con EIIC, de origen caucásico, de nuestra Unidad de EIIC. Se les realizaba entrevista, estudio de su historia clínica y extracción sanguínea. El HLA se analizaba en el Centro de Transfusiones de la Comunidad Valenciana (CTCV). Los controles eran adultos de la Comunidad Valenciana que habían sido donantes de órganos. El análisis (SPSS y Statsgraphics) incluyó: Chi2, regresión logística, ANOVA, fracción etiológica (FE) y preventiva (FP) y la corrección de Holm-Bonferroni para el análisis de alelos. Resultados: Se analizó 1034 sujetos (457 casos y 577 controles; 38% de mujeres en el grupo control, frente a 39% en CU y 49% en ECr). Los resultados más relevantes fueron: La frecuencia del HLA-EC es más elevada en el grupo control (39.34%) que en los pacientes con EIIC (34.14%), sin ser una diferencia significativa (p=0.0852). No hay diferencias significativas en la frecuencia de HLA-EC por grupos (controles, CU y ECr), aunque se observa una tendencia a que sea menor en la CU (p=0.0571), con una FP del 11%. El HLA-EC tiende a ser menos frecuente en mujeres con EIIC que en controles (34% vs 43%, p=0.0565, FP=14%). La frecuencia de DQ2.5 en la CU (16.43%) es significativamente menor respecto al grupo control (23.74%), p = 0.0287, FP=8%. Ser mujer, con HLA-DQ2.5, reduce casi en un 50% las posibilidades de tener colitis ulcerosa (p= 0.0466). FP=13% HLA-DQ8: EII (13.13%) < controles (17.50%), p= 0.054. FP=5% El HLA-DQ8 es significativamente menos frecuente en ECr que en controles (p=0.0217; FP=7%). La frecuencia de HLA-DQ2.2 en la Enfermedad de Crohn (34.0%) es significativamente mayor respecto al grupo control (22.7%), p = 0.001 y FE=15%, sin observar diferencias entre sexos. La agrupación de los alelos DQA1 y DQB1 es diferente según se trate del grupo control, ECr y CU, apareciendo como significativos, en nuestra muestra y tras la corrección de Holm-Bonferroni, el DQA1*01:04: más frecuente en la CU (p=0.036) y el DQA1*02:01: más frecuente en la ECr (p=0.0392). El HLA-DQB1*03:01 se relaciona con el fenotipo de CU extensa (p=0.0392). Conclusión: El HLA-EC no es más frecuente en la EII que en la población general, de hecho, el HLA-DQ2.5 es menos frecuente en la CU y el HLA-DQ8 en la ECr, suponiendo un factor protector. Por otro lado, el HLA-DQ2.2 confiere mayor riesgo de desarrollo de una ECr. La distribución de los alelos DQ es diferente en pacientes con ECr, CU y población general.