Introducción: el aumento de la motivación hacia la Educación Física podría resultar un elemento esencial para propiciar un incremento en la condición física saludable de los escolares. La ausencia de estudios en población española hace necesario el desarrollo de esta línea de investigación. Objetivos: el objetivo del presente estudio fue examinar la asociación entre la motivación hacia la Educación Física y los niveles de condición física saludable en adolescentes de Educación Secundaria Obligatoria. Métodos: un total de 294 escolares (167 varones y 127 mujeres), de 13 a 16 años de edad cumplimentaron la versión española de la Escala de Locus Percibido de Causalidad en Educación Física y realizaron las pruebas de condición física saludable de la Batería ALPHA-Fitness de Alta Prioridad. Resultados: los resultados del estudio mostraron una asociación positiva entre tener una alta motivación hacia la Educación Física y presentar una mayor capacidad cardiorrespiratoria, tanto en niños como en niñas (p < 0,05). En cambio, no se encontró una asociación entre la motivación hacia la Educación Física y el sobrepeso o fuerza muscular. Conclusiones: existe una asociación positiva entre la motivación hacia la Educación Física y la capacidad cardiorrespiratoria. Por tanto, con el objetivo de que los alumnos presenten una capacidad cardiorrespiratoria saludable, los profesores de Educación Física deberían promover la motivación hacia la Educación Física.