El objetivo de la comunicación es mostrar el marco general del estudio denominado “Procesos de formación, acompañamiento, cualificación y desarrollo personal en empresas de inserción: innovación en la inclusión social desde el empleo” (EDU2013-45919-R, EMPLEA). La investigación parte del concepto de las empresas de inserción como empresas del tercer sector que promueven procesos formativos intencionales de carácter formal e informal de personas que salen de procesos de exclusión social. El objetivo principal del proyecto es conocer las prácticas de acompañamiento en el puesto de trabajo y sus efectos sobre los procesos de desarrollo personal, formativo y profesional de las y los trabajadores con contratos para la inserción en su tránsito al mercado de trabajo ordinario. Dicho objetivo se concreta en el análisis de las variaciones en la relación pedagógica (el qué y cómo se enseña y se aprende) y de las competencias durante el proceso formativo. La metodología de investigación es cualitativa y cuantitativa, utilizando el análisis documental, la observación, entrevistas y cuestionarios. El estudio es de carácter longitudinal. Los resultados que se obtengan pretenden proporcionar una propuesta metodológica de instrumentos y protocolos cuyo uso se dirija a mejorar los procesos de formación y aprendizaje en el puesto de trabajo para los colectivos más vulnerables; aportar un catálogo de parámetros relevantes de la empleabilidad; y contribuir a la elaboración de un protocolo para la transición al mercado de trabajo ordinario que contemple competencias y apoyos sociales.The aim of this paper is to give an overview of the framework of the research “Educational, accompanying, qualification and developmental processes in work integration companies: innovating social inclusion through employment” (EDU2013-45919-R, EMPLEA). The context for this research are Work Integration Enterprises, promoted by the Third Sector and actors of the Social Economy. They purposefully intend to promote training processes, both formal and informal, with adults coming out of exclusionary processes. It is our main goal to describe the accompanying practices that take place on-the-job as well as their effects upon processes of personal and occupational development as well as vocational qualification that they have upon their employees in their transition into jobs in the ordinary labor market. It is our assumption that there will be variations in the pedagogical relation (what and how is trained and learned) and the competencies developed along the process. Our methodology is both quantitative and qualitative, we apply document analysis, observation, interviews and questionnaires too. Our approach is a longitudinal one. We are committed to turn our results into a methodological toolkit for the improvement of on-the-job training and learning processes in these companies; as well as a set of relevant criteria to foster and measure employability, including both occupational competencies as well as social support measures.