Pseudomonas aeruginosa es un patógeno frecuente en entornos hospitalarios que acumula multitud de resistencias a antibióticos. Ante la dificultad de encontrar tratamiento efectivo, los pacientes están mucho tiempo colonizados y aumenta la probabilidad de transmisión. El principal objetivo del presente trabajo ha sido mostrar cómo el estudio evolutivo a nivel de genomas completos puede ser útil para la detección de transmisiones a diferentes niveles. Se decidió aplicar la misma metodología de reconstrucción de la filogenia a partir de las variantes encontradas en genomas completos que además se dataron por métodos bayesianos. Para ello, hemos contado con muestras de P. aeruginosa multirresistentes de 3 hospitales distintos, planteándose situaciones de características muy diferentes: un brote de alcance limitado, un extenso brote con posible dispersión a otras áreas y, por último, estudio retrospectivo de evolución intrapaciente con infecciones recurrentes o de larga duración. Los resultados muestran cómo la capacidad de resolución mediante este abordaje es muy superior a las de otros métodos, permitiendo confirmar brotes, encontrar transmisiones ajenas a un brote e, incluso, posibles transmisiones en la comunidad a partir del análisis conjunto a mayor escala, definiendo una complejidad de la situación mucho mayor que la visualizada con métodos de rutina. Adicionalmente, se han incorporado resultados relativos a la resistencia fenotípica frente a la detección genotípica y se ha analizado la estructura CRISPR en este conjunto de muestras, cuyos resultados sugieren que puede ser una alternativa interesante a la utilización de la secuenciación masiva con la combinación CRISPR-MLST.