El modelo híbrido de aprendizaje comprensivo-cooperativo del deporte aumenta los efectos de ambas estrategias por separado y favorece un aprendizaje más completo y significativo para el alumnado. No obstante, sigue siendo poco utilizado en la didáctica de la Educación Física (EF) y, por extensión, del balonmano. Los participantes de este estudio fueron 96 alumnos, 31 en el grupo experimental y 65 en el grupo control, de 4º de la ESO. Se empleó un diseño cuasi-experimental con grupo de control no equivalente y medidas pretest-postest para analizar la variable clima motivacional. Para ello se utilizó el Cuestionario del clima motivacional percibido en el deporte-2 (PMCSQ-2). Se aplicaron pruebas no paramétricas (Wilcoxon y U de Mannwithney para muestras relacionadas e independientes respectivamente). Los resultados obtenidos reflejan diferencias significativas (z=2,88; p=0,004) en el clima motivacional percibido favorables al grupo experimental frente al grupo control, mostrando similares registros en los distintos elementos que conforman esta variable. Estos datos sugieren que el modelo híbrido comprensivo-cooperativo modifica positivamente la motivación y conducta del alumnado hacia las clases de EF, en general, y la práctica del balonmano, en particular.