El género Saccharomyces es un género de levaduras muy interesante para su uso como modelo en biología evolutiva debido a su alta diversidad genética y fenotípica. La mejora en las técnicas de muestreo a lo largo de la última década ha resultado en el aislamiento de especies de Saccharomyces de muchos tipos de ambientes a lo largo del mundo. S. cerevisiae es probablemente el organismo modelo eucariota más conocido además de ser el dominante en fermentaciones industriales. Debido a los nuevos retos de la industria del vino, las especies alternativas de Saccharomyces están ganando interés como una fuente de biodiversidad poco explotada. S. kudriavzevii y S. uvarum son dos levaduras candidatas prometedoras ya que presentan temperaturas de crecimiento bajas, producción de glicerol alta y diferentes perfiles aromáticos en comparación con S. cerevisiae. Sin embargo, los mecanismos de adaptación de estas especies a sus verdaderos nichos ecológicos son desconocidos. En esta tesis, hemos identificado diferentes mecanismos moleculares relacionados con la adaptación de S. uvarum y S. kudriavzevii proponiendo nuevas pistas acerca de sus dinámicas de evolución que servirán para incrementar el conocimiento que se tiene acerca de estas especies, y planear estrategias a la hora de su posible escalado insdustrial.