El impacto de la pandemia de la COVID-19 en la vida académica y social de la infancia y la adolescencia sigue siendo preocupante por las graves consecuencias que puede tener para toda una generación del alumnado, especialmente para quienes se encontraban en situaciones más vulnerables por diferentes motivos y, en especial, para el alumnado de origen extranjero. Paradójicamente, desde el inicio del cierre y cuando las escuelas volvieron a abrir para impartir clases presenciales de forma intermitente, las necesidades específicas de este grupo de estudiantes y los efectos del aislamiento académico y social como posibles factores agravantes de riesgo han estado ausentes del debate público sobre la educación en la pandemia, más allá de menciones generales al empobrecimiento familiar y a la brecha digital. Tampoco se han abordado cuestiones que ya eran alarmantes, como las diferencias entre la vinculación escolar de chicos y chicas, que se superponen a las anteriores. Este artículo presenta algunos de los hallazgos y conclusiones de un estudio prospectivo dentro del proyecto IntegratED. Promoting Meaningful Integration of Third-Country Nationals Children to Education (776143-EU-AMIF). A partir de entrevistas con el profesorado de ocho centros de secundaria de Madrid y Barcelona en otoño de 2020, nos centramos en el impacto de la pandemia y el cierre de la escuela en el alumnado desde un enfoque comparativo de origen nacional y género, en el contexto más amplio de las transformaciones, reajustes y consecuencias experimentadas por todos los estudiantes de entornos socioeconómicos desfavorecidos.