INTRODUCCIÓN. Se presenta un estudio censal sobre la eficacia escolar en los centros educativos de primaria de la comunidad autónoma de La Rioja, un análisis secundario de una evaluación diagnóstica (ED) previa en esa comunidad. Se valoró el impacto de variables contextuales en los rendimientos de las asignaturas evaluadas no usando las puntuaciones medias brutas obtenidas en la ED, sino las puntuaciones medias ajustadas una vez controlado el efecto de variables contextuales. MÉTODO. El control se realizó por modelización estadística multinivel con modelos jerárquicos lineales en dos niveles: estudiantes y centros. Los residuos de los modelos se usaron como criterio de eficacia escolar. RESULTADOS. Se realizó un análisis descriptivo por niveles de las variables contextuales y de los rendimientos, además de un análisis detallado de los modelos jerárquicos por asignaturas. A partir de los residuos de los modelos se logró una ordenación de los centros según su eficacia. DISCUSIÓN. Los modelos jerárquicos lineales resultaron ser una herramienta adecuada para conocer el impacto de las variables contextuales en el aprendizaje escolar, más allá del rendimiento de los centros aportado previamente en la ED. Los modelos posibilitaron conocer los centros escolares con los mejores y peores resultados de eficacia controlado el efecto del contexto. La estrategia jerárquica detectó que en la relación de centros se encuentran escuelas de ambas redes y de muy diverso nivel socioeconómico, así como que en centros en los que en una asignatura obtienen un residuo muy alto (o muy bajo) no les ocurre lo mismo en otras asignaturas, informaciones imposibles de lograr con herramientas de análisis más convencionales.