En este estudio se intenta determinar el nivel de las habilidades de razonamiento científico de los estudiantes de educación secundaria y analizar la influencia de la formación académica y del género sobre dichas habilidades. También se pretende conocer las habilidades que presentan mayor dificultad para estos estudiantes. Han participado 122 estudiantes españoles de cuatro niveles académicos diferentes entre 8º y 11º grado (edades entre 13 y 17 años) a los que se ha administrado el cuestionario de habilidades de razonamiento científico propuesto por Hanson (2016). De las puntuaciones obtenidas en el cuestionario y del ANOVA realizado puede concluirse que: a) el nivel medio de habilidades de razonamiento científico no parece el apropiado; b) la formación académica tiene un efecto significativo sobre dichas habilidades; y c) el género no produce diferencias significativas. A partir del índice de dificultad de los ítems del cuestionario se localizan las destrezas más problemáticas para los estudiantes. Por último, se discuten las posibles implicaciones didácticas que se derivan del estudio.